geopandas/Shapely/PyGEOS版本兼容性问题解决方案咨询

基于Shapely、geopandas、pygeos开展地理空间数据处理时，触发运行警告：

UserWarning: The Shapely GEOS version (3.10.2-CAPI-1.16.0) is incompatible with the GEOS version PyGEOS was compiled with (3.10.1-CAPI-1.16.0). Conversions between both will be slow.

当前运行环境组件版本：

Shapely                  1.8.2
geopandas                0.10.2
pygeos                   0.12.0

待解决问题：是否可通过升级/降级某一组件版本解决上述不兼容问题，目前无公开的三者兼容版本对应清单可参考。

该警告触发原因是Shapely调用的GEOS库版本，与pygeos编译时绑定的GEOS小版本不一致，不会导致空间计算结果出错，仅会在两个库之间传递几何对象时增加额外序列化开销、拖慢处理速度，完全可以通过调整组件版本解决，不需要依赖官方兼容清单，实测可落地的方案如下：

• 方案1：降级Shapely版本
  将现有Shapely 1.8.2降级为1.8.0即可。Shapely 1.8.0绑定的GEOS版本为3.10.1-CAPI-1.16.0，和pygeos 0.12.0编译时使用的GEOS版本完全匹配，可直接消除警告，且该版本与geopandas 0.10.2适配性良好，不会触发其他兼容问题。
  对应安装命令：

  # pip 环境
  pip install shapely==1.8.0
  # conda 环境
  conda install shapely=1.8.0
  

• 方案2：升级pygeos版本
  保留现有Shapely、geopandas版本不变，将pygeos从0.12.0升级至0.13版本即可。pygeos 0.13基于GEOS 3.10.2编译，与当前Shapely 1.8.2绑定的GEOS版本完全匹配，同样可以解决问题，且适配geopandas 0.10.2。
  对应安装命令：

  # pip 环境
  pip install pygeos==0.13
  # conda 环境
  conda install pygeos=0.13
  

• 方案3：全量升级彻底规避同类问题
  如果没有强制锁定geopandas 0.10.2版本的需求，可以直接将三个库升级至最新稳定版。geopandas 0.12及以上版本已经将pygeos的核心能力整合进Shapely 2.0，不需要单独安装pygeos，从根源上消除了两个空间库GEOS版本不一致的可能性，后续不会再触发同类警告。

补充：如果暂时不想调整环境，只要处理的空间数据量不大，该警告带来的性能损耗几乎感知不到，不影响正常使用。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者M_M246