Shell脚本变量带末尾换行导致Trimmomatic路径拼接错误如何解决

变量末尾携带异常换行符的核心原因是Samples_prefix.txt使用了Windows系统的CRLF换行格式（行尾为\r\n），Linux环境下Shell按LF（\n）拆分读取行时，会把每行末尾的\r回车符残留在读取到的变量值中，后续拼接文件名时就会出现后缀被挤到新行、路径无效的问题。如果文件末尾存在无换行的最后一行、空行，也可能触发读取异常。

1. 优先从源文件处理，执行以下命令将输入文件转为Unix换行格式，清除所有行尾多余的回车符：

   sed -i 's/\r$//' Samples_prefix.txt
   

2. 优化Shell脚本的读取逻辑，增加兼容兜底，避免特殊格式文件引发执行错误，修正后的完整脚本如下：

   while IFS= read -r sample || [[ -n "$sample" ]]
   do
     # 兜底清除变量末尾可能残留的回车、尾部空白
     sample=$(echo "$sample" | tr -d '\r' | sed 's/[[:space:]]*$//')
     sample_id=$(echo "$sample" | cut -d/ -f 4 | tr -d '\r')
     
     java -jar ./trimmomatic-0.39.jar PE -threads 10 -phred33 \
       "${sample}_R1_001.fastq.gz" \
       "${sample}_R2_001.fastq.gz" \
       "${sample_id}_PE1.fq.gz" \
       "${sample_id}_SE1.fq.gz" \
       "${sample_id}_PE2.fq.gz" \
       "${sample_id}_SE2.fq.gz" \
       HEADCROP:3 ILLUMINACLIP:./adapters/TruSeq3-PE-2.fa:2:30:10 CROP:95 \
       LEADING:10 TRAILING:10 SLIDINGWINDOW:5:20 MINLEN:50 \
       2> "${sample_id}.out"
   done < Samples_prefix.txt
   

• 给read命令增加IFS=、-r参数，避免读取时自动裁剪行首尾空白、转义特殊字符；增加|| [[ -n "$sample" ]]判断，兼容文件最后一行无换行符的场景，不会漏读最后一个样本
• 对读取到的sample、提取的sample_id变量都增加了回车符清除逻辑，就算源文件没有提前转格式，也不会出现拼接断行问题
• 所有变量引用都用双引号包裹，避免路径中存在空格、特殊字符时命令执行报错
• 长命令用\拆分多行，提升可读性，不影响实际执行逻辑

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Fernando_Souza