编写jq命令提取患者JSON指定字段导出CSV无结果问题求助

原命令错误点排查 #

• 基础语法错误：- r参数中间多余空格，且使用了中文全角单引号’，jq要求选项与参数紧接，所有引号必须使用英文半角符号
• 字段名与实际JSON结构不匹配：
  • 唯一ID字段实际名为带空格的Unique ID，并非无空格的UniqueID
  • 姓名相关字段实际名为Patient First Name、Patient Last Name，并非简写的FirstName、LastName
  • LDL检测日期字段实际名为LDLResultDate，并非自定义的LabResultDate
  • 血清肌酐节点拼写错误：实际节点名为SerumCreatinine，对应水平字段为CreatinineLevel，原命令错写为SerumCreatine、CreatineLevel
• 格式校验提示：你提供的JSON片段开头缺失外层左大括号{，执行命令前请先补全JSON结构保证格式合法，否则jq会抛出解析错误。

注：需求中要求的「Lab Test Date」对应JSON中两个实验室项的检测日期，以下方案默认提取LDL胆固醇的检测日期，如需提取肌酐检测日期可将对应字段替换为.Patient.Labs.SerumCreatinine.CreatinineResultDate。

可直接运行的正确命令 #

无表头纯数据版本 #

jq -r '[.Patient."Unique ID", .Patient.Name."Patient First Name", .Patient.Name."Patient Last Name", .Patient.Labs.LDLCholesterol.LDLResultDate, .Patient.IntakeCriteria.InitialHgbA1c, .Patient.Labs.LDLCholesterol.LDLLevel, .Patient.Labs.SerumCreatinine.CreatinineLevel] | @csv' data.json > csvtest.out

带字段表头版本 #

如果需要导出的CSV第一行自带字段名，使用以下命令：

jq -r '["Patient Unique ID number","Patient First Name","Patient Last Name","Lab Test Date","HgbA1c Level","LDL Level","Creatinine Level"], [.Patient."Unique ID", .Patient.Name."Patient First Name", .Patient.Name."Patient Last Name", .Patient.Labs.LDLCholesterol.LDLResultDate, .Patient.IntakeCriteria.InitialHgbA1c, .Patient.Labs.LDLCholesterol.LDLLevel, .Patient.Labs.SerumCreatinine.CreatinineLevel] | @csv' data.json > csvtest.out

对应示例数据的纯数据输出结果为：

163983,"James","Manchester","5/6/2013",8.1,200,0.9

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Shaishavi Patel