Shell脚本中如何合并多个动态生成的路径变量供命令传参使用

问题描述 #

无Bash/Shell脚本开发经验，现有可正常运行的脚本调用ashlar（多图像拼接配准Python库）完成处理，需要将最后一行命令中逐个书写的$c1 $c3 $c5 $c7替换为单个变量传参，此前尝试字符串拼接、cat处理的方案均未生效。
原脚本内容：

for i in 1 3 5 7
do
 export ROOT_DIR=a/b/c/abcd_"$i"_123/
 export FILENAME_HEADER=a_b_c_40X_
 export WIDTH=5
 export HEIGHT=15
 export PIXEL_SIZE=0.1507
 export OVERLAP=0.1
 export LAYOUT=snake
 export DIRECTION=vertical
 export MAX_SHIFT=30
 export SIGMA=2
 export ALIGN_CHANNEL=4
 export OUTPUT_DIR=a/b/c/sample.ome.tiff

 export c"$i"="fileseries|""$ROOT_DIR""|pattern=""$FILENAME_HEADER"""$i"_F{series}.ome.tiff|width=""$WIDTH""|height=""$HEIGHT""|pixel_size=""$PIXEL_SIZE""|overlap=""$OVERLAP""|layout=""$LAYOUT""|direction=""$DIRECTION"
done

ashlar $c1 $c3 $c5 $c7 --flip-y --pyramid --maximum-shift $MAX_SHIFT --filter-sigma $SIGMA --align-channel $ALIGN_CHANNEL -o $OUTPUT_DIR

实现方案 #

用Bash数组存储多组输入参数，这是Bash中传递多个独立参数最稳妥的方式，不会出现字符串拼接导致的参数拆分错误、特殊字符转义问题。修改后的脚本如下：

# 固定参数无需放在循环内重复赋值，非子进程调用场景不需要加export
ROOT_DIR_PREFIX=a/b/c/abcd_
ROOT_DIR_SUFFIX=_123/
FILENAME_HEADER=a_b_c_40X_
WIDTH=5
HEIGHT=15
PIXEL_SIZE=0.1507
OVERLAP=0.1
LAYOUT=snake
DIRECTION=vertical
MAX_SHIFT=30
SIGMA=2
ALIGN_CHANNEL=4
OUTPUT_DIR=a/b/c/sample.ome.tiff

# 初始化空数组存储所有输入通道参数
input_channels=()

for i in 1 3 5 7
do
  current_root="${ROOT_DIR_PREFIX}${i}${ROOT_DIR_SUFFIX}"
  current_pattern="${FILENAME_HEADER}${i}_F{series}.ome.tiff"
  # 拼接当前通道参数，追加到数组中
  input_channels+=("fileseries|${current_root}|pattern=${current_pattern}|width=${WIDTH}|height=${HEIGHT}|pixel_size=${PIXEL_SIZE}|overlap=${OVERLAP}|layout=${LAYOUT}|direction=${DIRECTION}")
done

# 调用命令时用 "${input_channels[@]}" 展开数组，每个元素会被识别为独立参数
ashlar "${input_channels[@]}" --flip-y --pyramid --maximum-shift "$MAX_SHIFT" --filter-sigma "$SIGMA" --align-channel "$ALIGN_CHANNEL" -o "$OUTPUT_DIR"

注意事项 #

• 普通字符串拼接传参失败的核心原因：Bash展开普通字符串变量时会默认按空白字符拆分内容，一旦参数包含空格、特殊元字符就会出现参数错位、传参错误；而"${数组名[@]}"的写法会严格保留每个数组元素为独立参数，不会做错误拆分。
• 原脚本中循环内重复赋值固定参数、无意义加export的写法可以优化：只有需要传递给脚本调用的子进程的变量才需要export，脚本内部使用的变量不需要加该关键字；固定值参数不需要放在循环中重复赋值。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Deep