Seurat对象转换为SCE对象运行转换函数报错如何解决

报错根因 #

• 第一个报错核心问题：你当前名为cl.719245a.seurat的变量不是Seurat类对象，是普通数据框，所以匹配不到对应的转换方法。
• 第二个报错有两个问题：一是你未安装/加载DropletUtils包所以找不到函数；二是read10xCounts的作用是读取10x平台下机的原始计数文件，仅支持传入文件目录路径，根本不能直接传入Seurat对象做转换，用法完全错误。

操作步骤 #

1. 先校验输入对象类型
   运行以下代码确认对象类别：

   class(cl.719245a.seurat)
   

   如果输出结果不包含Seurat，说明你之前的操作把Seurat对象覆盖成了数据框，需要回溯到生成该Seurat对象的代码段，重新生成正确的Seurat类对象后再做后续操作。
2. 安装并加载转换依赖包
   as.SingleCellExperiment转换方法不在基础Seurat包内，依赖Bioconductor的SingleCellExperiment包，未安装的话先运行以下代码安装：

   # 装过BiocManager就跳过这行
   install.packages("BiocManager")
   BiocManager::install("SingleCellExperiment", update = FALSE)
   

   加载包：

   library(Seurat)
   library(SingleCellExperiment)
   

3. 执行转换
   确认对象类型正确、包加载完成后，运行转换代码：

   cl.719245a.sce <- as.SingleCellExperiment(cl.719245a.seurat)
   

   转换完成后运行class(cl.719245a.sce)，输出结果包含SingleCellExperiment即为转换成功。

补充：如果加载包后仍提示找不到as.SingleCellExperiment方法，补装SeuratDisk包后重新加载即可：install.packages("SeuratDisk")

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Ryan T.