如何将Docker容器内Python脚本生成的JSON输出保存到本地挂载目录

你的Python脚本当前使用相对路径输出output.json，文件会被写入容器内的工作目录/usr/workdir（即Dockerfile里WORKDIR指定的路径）。但你启动容器时仅将本地目录挂载到了容器的/input路径，/usr/workdir没有和本地目录做绑定，加上启动时加了--rm参数，容器退出后会自动删除，存在容器内部非挂载路径的文件会跟着容器一起被清理，本地自然找不到输出文件。

方案1：直接输出到已挂载的/input目录 #

无需修改启动命令，只需要改Python脚本的输出路径为绝对路径，指向已经挂载到本地的/input目录即可：
把原有输出代码

output_file.to_json('output.json' , orient = 'records')

修改为

output_file.to_json('/input/output.json', orient='records')

重新构建镜像后运行，生成的JSON文件会直接出现在本地的/home/huk/Desktop/idea/varskor_annotation/docker_try目录下。
提示：该操作会直接向本地挂载的输入目录写入文件，若目录内有同名output.json会被覆盖，注意提前备份。

方案2：单独挂载输出目录（推荐，文件管理更清晰） #

如果不想把输出和输入文件混放在同一个目录，可以单独给输出路径做挂载：

1. 修改Python脚本输出路径，指向容器内专门的输出目录：

   output_file.to_json('/output/output.json', orient='records')
   

2. 在本地新建用于存放输出文件的目录，比如在当前项目路径下新建output文件夹，修改启动命令，新增输出目录的挂载规则：

   sudo docker run --rm \
   -v /home/huk/Desktop/idea/varskor_annotation/docker_try:/input/ \
   -v /home/huk/Desktop/idea/varskor_annotation/docker_try/output:/output/ \
   varskor_annotation \
   /input/out_total_filtered_2.vcf \
   /input/HumanNet_XI_Network_Stats.csv \
   /input/exac_gnomad_freq.csv \
   /input/gnomad.v2.1.1.lof_metrics.by_transcript.txt
   

运行完成后，输出文件会存在你本地新建的output目录下。

补充：你原来的启动命令里挂载路径加的单引号属于多余写法，去掉不影响功能，也能避免特殊字符转义导致的挂载异常。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Hamza Umut Karakurt