PyCharm中是否可查看py3Dmol或nglview的可视化模型？

功能权限说明 #

该能力不属于PyCharm Pro专属付费特性，2022.1及以上版本的PyCharm社区版即可完整实现，最终交互效果和matplotlib弹出独立绘图窗口完全一致。

前置通用配置 #

• 为当前项目绑定已安装生物信息相关依赖的虚拟环境（conda/venv均可），提前在环境中安装基础包：pip install nglview py3dmol ipython
• 打开PyCharm设置路径 Settings > Tools > Python Scientific，取消勾选Show plots in tool window——这一步和matplotlib弹出独立窗口的配置完全相同，取消后渲染结果不会嵌入侧边栏面板，会弹出独立交互窗口。

nglview 独立窗口运行方式 #

nglview原生是Jupyter/IPython小部件，不需要启动Notebook服务，直接调用桌面渲染接口即可弹出窗口，示例代码：

import nglview as nv

# 加载测试结构，此处用PDB数据库的1CRN蛋白为例
view = nv.show_pdbid("1crn")
# 触发独立窗口弹出，逻辑等价于matplotlib的plt.show()
view.gui()

弹出的窗口支持所有nglview原生交互：旋转缩放结构、切换卡通/球棍/表面等显示样式、选择特定残基/配体高亮，不需要额外配置前端环境。

py3Dmol 独立窗口运行方式 #

py3Dmol默认基于WebGL渲染，不需要手动写HTML文件，直接调用内置的本地渲染接口即可唤起PyCharm原生窗口，示例代码：

import py3Dmol

# 加载PDB 1CRN结构
view = py3Dmol.view(query='pdb:1crn')
# 设置显示样式为彩虹色卡通
view.setStyle({'cartoon': {'color':'spectrum'}})
# 弹出独立交互窗口
view.show()

如果运行后弹出的是系统浏览器窗口而非PyCharm原生绘图窗，在代码最开头添加一行配置即可：py3Dmol.view.__default_render__ = 'window'。

常见问题排查 #

• 不要在PyCharm的Python Console交互式面板逐行运行渲染代码，直接右键执行完整.py脚本即可正常唤起窗口
• 如果窗口加载结构失败，检查当前网络是否能正常访问PDB数据库，或者换用本地加载pdb文件的接口nv.show_structure_file()/py3Dmol.view(query='path/to/your/local.pdb')即可。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Joseph_C