R Markdown代码块可正常运行但knit渲染时报错问题咨询

你的两个推测里第二点完全正确，第一点属于认知偏差：

1. RMarkdown执行knit渲染时，会启动一个全新的、独立的、无交互界面的R后台进程，这个进程和你在RStudio Cloud里逐块运行代码的交互式会话全局环境完全隔离，默认不会读取你交互式会话里存的任何内存对象（包括你创建的dataframes数据框），这是加error = TRUE配置前报“找不到对应对象”的根本原因。
2. 数据框是内存中的R对象，不会以文件形式自动出现在/cloud/project工作目录下，你在工作目录里找不到它是正常现象，和路径问题无关。
3. 你看到的unable to start data viewer报错和对象是否存在无关：View()是RStudio交互式IDE专属的GUI函数，只能在有可交互图形界面的会话里唤起数据查看窗口，knit的后台无界面进程没有可用的图形渲染端口，根本跑不了View()，和数据框能不能找到没有关系。

• 保证RMarkdown文档完全自包含：把所有渲染需要用到的对象的生成/加载逻辑，全部放到Rmd文档内部的代码块中（通常放在文档开头命名为setup的首个代码块里）。你之前逐块运行时在全局环境生成dataframes的完整代码，必须完整写到Rmd里，knit进程会按文档内代码的顺序从头执行，自己生成需要的所有对象，不依赖外部会话的内容。
  基础setup块示例：

  # 渲染配置
  knitr::opts_chunk$set(error = TRUE)
  # 以下放入你生成dataframes的完整代码，示例：
  # dataframes <- read.csv("你的数据源文件.csv") # 如果是读本地文件
  # 或者手动构造数据框的代码
  dataframes <- data.frame(
    id = 1:3,
    value = c("a", "b", "c")
  )
  

• 删除所有在渲染流程中会被执行的View()调用。如果需要在渲染后的输出文档里查看数据框内容，直接在代码块中输入数据框变量名即可，渲染时会自动输出数据预览；需要更规范的表格输出可以调用knitr::kable(dataframes)生成标准格式表格。
• 路径相关注意：RMarkdown渲染时默认的工作目录是当前Rmd文件所在的文件夹，如果你在RStudio Cloud里把Rmd存在/cloud/project路径下，所有本地文件读取的相对路径都以这个目录为基准即可，不需要额外调整路径配置。

如果只是临时调试不想迁移代码，可以在setup块中加入一行代码，强行把当前交互式会话的全局环境挂载到knit进程的搜索路径上：

attach(globalenv())

该方案存在明显缺陷：一旦你重启R会话、换设备渲染、或者清空过全局环境，文档会再次出现找不到对象的报错，完全无法复现结果，仅适合临时调试场景，正式文档必须保证所有逻辑都写在Rmd内部。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者AndreaGH