如何merge/rebase存放在文件夹内的独立Git仓库分支

你当前的操作属于在自有Git仓库的工作目录中嵌套克隆了另一个完全独立的Git仓库：外层仓库不会读取内层仓库的Git提交记录，只会将内层仓库的整个文件夹识别为带.git标记的特殊目录/未追踪内容，两个仓库的提交树没有任何共同祖先，因此会出现「必须进入内层文件夹才能看到独立提交历史」「GitHub提示分支提交历史完全不同无法创建PR」的问题。

根据你是否需要保留被克隆仓库的原始提交历史，选对应方案操作即可：

方案1：保留被克隆仓库的完整提交历史，合并到自有分支 #

• 切到自有仓库的branch A分支，进入之前克隆得到的内层仓库文件夹，把里面的.git隐藏目录临时移动到其他位置备份（不要直接删除，避免历史丢失）
• 回到自有仓库根目录，执行git add .将内层仓库的所有文件加入暂存区，提交一次临时版本：git commit -m "temp: import external repo files"
• 给自有仓库添加被克隆仓库的远程源：git remote add imported-repo <你之前克隆内层仓库使用的Git地址>
• 拉取被克隆仓库的所有提交数据到本地：git fetch imported-repo
• 执行合并命令，允许合并无共同祖先的独立提交树：git merge imported-repo/<需要合并的内层仓库分支名> --allow-unrelated-histories
• 按提示解决合并过程中出现的文件冲突，完成后提交合并结果
• 合并完成后，你在自有仓库根目录就能查到被克隆仓库的所有原始提交记录，两个仓库的历史会串到同一条提交线上，将branch A推送到GitHub后即可正常创建指向main分支的PR。

方案2：不需要保留被克隆仓库的提交历史，仅合并当前文件内容 #

这个方案操作更简单：

• 进入之前克隆得到的内层仓库文件夹，直接删除里面的.git隐藏目录
• 回到自有仓库根目录，如果之前误将内层文件夹提交为Git子模块，先执行git rm --cached <内层文件夹名称>清除子模块缓存标记
• 执行git add .将内层仓库的所有文件加入暂存区，正常提交即可
• 将branch A推送到GitHub后，所有文件会作为当前分支的普通提交存在，可直接和main分支对比创建PR，不会再触发历史不相关的报错。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Danyil Derkach