如何仅用sed单行命令完成删除HETATM行及合并pdb文件操作

我需要完成两项pdb文件处理操作：

• 删除file1.pdb中所有以HETATM开头的行
• 将fil2.pdb与处理后的file1.pdb内容合并，输出为新文件file3.pdb

目前使用的两行命令如下：

sed -i '/^HETATM/ d' file1.pdb
cat fil2.pdb file1.pdb > file3.pdb

咨询是否可以仅使用sed工具，通过单行命令实现上述全部操作？

完全可以，且单行命令不会像原命令一样直接修改源文件file1.pdb，操作风险更低，对应命令如下：

sed 'FNR==NR{print;next} /^HETATM/d' fil2.pdb file1.pdb > file3.pdb

命令执行逻辑：

• sed按传入顺序依次读取两个输入文件，先处理fil2.pdb，再处理file1.pdb
• 规则FNR==NR{print;next}：处理第一个文件fil2.pdb时，当前文件行号FNR和全局累计行号NR数值相等，此时直接原样输出所有行内容，跳过后续规则，保证fil2.pdb完整输出在文件最前端
• 规则/^HETATM/d：处理第二个文件file1.pdb时，FNR会重置为1重新计数，不再和全局NR相等，此时自动跳过所有以HETATM开头的行不输出，实现删除对应行的需求
• 最终所有符合要求的内容通过重定向写入file3.pdb，输出结果和原命令执行效果完全一致，全程不会改动两个原始输入文件。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者James Starlight