RDKit中ReplaceSubstructs()替换指定位置C原子不符合预期的问题求助

我最近在尝试用RDKit的ReplaceSubstructs()函数将两个SMILES字符串拼接在一起——具体需求是把第一个分子中的某个碳（C）原子替换成第二个分子。但不管我设置哪个c_options参数值，RDKit似乎只会替换第一个或最后一个C原子，而且原子的索引还出现了被打乱的情况，完全不符合我的预期。

以下是我的代码：

from rdkit import Chem

def combine_smile(smile1, smile2, c_options=1):
    mol1 = Chem.MolFromSmiles(smile1)
    mol2 = Chem.MolFromSmiles(smile2)
    if mol1 is None or mol2 is None:
        raise ValueError("One or both SMILES strings are invalid.")
    
    index_mol1 = mol_with_atom_index(mol1)
    combined_mol = Chem.ReplaceSubstructs(index_mol1, Chem.MolFromSmarts("[CH3]"), mol2)[c_options]
    combined_smiles = Chem.MolToSmiles(combined_mol)
    print(combined_smiles)

def mol_with_atom_index(mol):
    atoms = mol.GetNumAtoms()
    for idx in range(atoms):
        mol.GetAtomWithIdx(idx).SetProp('molAtomMapNumber', str(mol.GetAtomWithIdx(idx).GetIdx()))
    return mol

if __name__ == "__main__":
    mol1_smiles = "CC(C)(C)Cl"
    mol2_smiles = "CN(C)C"
    combine_smile(mol1_smiles, mol2_smiles)

当前实际输出： #

• 当c_options=0时：CN(C)C[C:1]([CH3:2])([CH3:3])[Cl:4]
• 当c_options=1时：CN(C)C[C:1]([CH3:0])([CH3:3])[Cl:4]
• 当c_options=2时：CN(C)C[C:1]([CH3:0])([CH3:2])[Cl:4]

我期望的输出： #

• 当c_options=0时：CN(C)C[C:1]([CH3:2])([CH3:3])[Cl:4]
• 当c_options=1时：[CH3:0][C:1](CN(C)C)([CH3:3])[Cl:4]
• 当c_options=2时：[CH3:0][C:1]([CH3:2])(CN(C)C)[Cl:4]

我想知道为什么会出现这种位置不对、索引混乱的情况？应该怎么修改代码才能实现精准替换指定位置的[CH3]基团，同时保证原子索引和预期一致呢？

内容来源于stack exchange