SourceTree暂存更改时自动删除部分文件问题求助

问题现象 #

• 对文件添加注释后，修改后的文件可正常展示在未暂存更改列表中：
  
• 点击stage（暂存）按钮后，对应文件被彻底移除，暂存区、未暂存列表均无该文件条目：
  
• 异常仅在部分文件上触发，并非所有文件修改后都会出现该问题。

已尝试的无效修复操作 #

• 卸载后重新安装SourceTree
• 删除%AppData%/local路径下的SourceTree偏好配置文件

问题原因 #

该问题绝大多数情况是出问题的文件被设置了skip-worktree或assume-unchanged标记。这两个标记本来是用来告诉Git跳过跟踪本地对该文件的修改，常见于不需要提交本地改动的配置类文件。SourceTree对这两个标记的兼容存在长期未修复的bug：被标记的文件出现修改时，未暂存列表可以正常显示改动，但一旦点击暂存，SourceTree会直接按照标记规则丢弃本地改动，看起来就像文件被删掉了——实际是本地修改被清空，文件直接回到了仓库里的提交版本。
剩下的小概率原因有两个：一是文件路径、文件名里有SourceTree解析不了的特殊字符；二是多层级的git忽略规则（全局.gitignore、仓库.gitignore、.git/info/exclude）存在冲突，暂存时判定文件属于需要忽略的内容，直接从暂存队列里剔除。

修复步骤 #

1. 优先排查标记问题：打开仓库所在文件夹，右键打开Git Bash终端，依次执行两条命令，检查出问题的文件是否在输出列表里：

   # 列出所有设置了assume-unchanged标记的文件
   git ls-files -v | grep '^h'
   # 列出所有设置了skip-worktree标记的文件
   git ls-files -v | grep '^S'
   

2. 如果问题文件确实在列表里，执行对应命令移除标记就能恢复正常：

   # 移除assume-unchanged标记，把<文件路径>换成实际出问题的文件相对路径
   git update-index --no-assume-unchanged <文件路径>
   # 移除skip-worktree标记
   git update-index --no-skip-worktree <文件路径>
   

3. 如果没查到标记，就检查忽略规则冲突，执行下面的命令看文件是不是被某条忽略规则命中了：

   git check-ignore -v <文件路径>
   

   如果命令输出了对应的忽略规则，修改对应位置的忽略配置，取消对该文件的忽略即可。
4. 上述排查都没命中的话，检查问题文件的文件名、所在文件夹路径，把里面的全角空格、emoji、非常规特殊符号替换成普通半角字符，重启SourceTree再试。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Charles B