R语言mFD包alpha.fd.multidim报OneIndex选小于1元素错误如何解决

问题场景 #

使用mFD包计算多维空间功能多样性指数时，用到两个输入数据集：

• 第一个数据集（物种功能轴坐标表）预览：
  
• 第二个数据集（群落物种权重/多度表）预览：
  

使用的运行代码如下：

alpha_fd_indices <- mFD::alpha.fd.multidim(
  sp_faxes_coord   = sp_faxes_coord [ , c("PC1", "PC2", "PC3", "PC4", "PC5")],
  asb_sp_w         = as.matrix(species),
  ind_vect         = c("fdis", "fmpd", "fnnd", "feve", "fric", "fdiv", "fori", "fspe", "fide"),
  scaling          = TRUE)

运行时返回报错信息：

Error in sp_coord_all_asb[[k]] <- sp_faxes_coord_k : 
  attempt to select less than one element in OneIndex

报错原因与修复方案 #

这个报错是函数内部逐群落匹配对应物种坐标时，索引值小于1触发的，核心是两个输入对象不匹配，按以下优先级排查即可：

1. 检查物种名匹配问题（90%以上的该类报错都是这个原因）
   函数要求sp_faxes_coord的行名必须为物种名称，asb_sp_w的列名必须和坐标表的物种名一一对应。如果群落表中存在坐标表没有收录的物种，循环匹配时就会生成空索引触发报错。
   运行以下代码定位问题物种：

   # 分别提取两个对象中的物种名
   sp_in_axis <- rownames(sp_faxes_coord)
   sp_in_community <- colnames(species)
   # 输出群落表中存在、但缺少功能坐标的物种
   cat("缺失坐标的问题物种：", setdiff(sp_in_community, sp_in_axis), "\n")
   

   修复方式：把输出的问题物种从群落权重表中删除，或者补全这些物种对应的功能轴坐标后再运行。
2. 检查输入对象格式错误
   • sp_faxes_coord必须是矩阵格式，不能是data.frame，表中不能存在NA值，列名必须和传入的PC轴名称完全一致
   • 群落表转矩阵时不要把非数值列（比如群落ID列、生境属性列）纳入转换，否则会出现列名错乱，正确转换方式参考：

     # 假设species表第一列为群落ID，其余列是物种多度/权重值
     rownames(species) <- species[, 1]
     comm_matrix <- as.matrix(species[, -1])
     

3. 过滤空群落
   如果群落矩阵中存在整行全为0的空群落（即该样方无任何物种记录），也会触发该索引错误，运行以下代码过滤即可：

   # 仅保留至少有1个物种存在的群落
   comm_matrix <- comm_matrix[rowSums(comm_matrix) > 0, ]
   

完成上述检查修正后，函数即可正常运行计算。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Naive Explorer