如何编写Bash脚本批量创建目录、生成文件并执行命令

实现目标 #

• 原始phylip文件存储路径：/home/agalvez/data/sims/phylip_format，目录下包含sim1.phylip、sim2.phylip等文件
• 为每个.phylip文件创建对应目录
• 每个新建目录内放入两份内容：
  • 对应.phylip原始文件的副本
  • 名为input的配置文件，内容按顺序为：

    对应phylip文件的文件名
    U
    5
    Y
    /home/agalvez/data/sims/trees/tree_nodenames.txt
    

• 进入每个新建目录，执行命令phylip dollop < input > screenout完成分析

初始脚本报错情况 #

最初编写的脚本如下：

!/bin/bash

for f in *.phylip;
 mkdir /home/agalvez/data/sims/dollop/$f;
 cp $f /home/agalvez/data/sims/dollop/$f;
 cd /home/agalvez/data/sims/dollop/$f;
 echo "$f" | cat > input;
 echo "U" | cat >> input;
 echo "5" | cat >> input;
 echo "Y" | cat >> input;
 echo "/home/agalvez/data/sims/trees/tree_nodenames.txt" | cat >> input;
 phylip dollop < input > screenout;
;done

运行时直接抛出语法错误：

line 4: syntax error near unexpected token `mkdir'
line 4: ` mkdir /home/agalvez/data/sims/dollop/$f;'

问题原因 #

• 脚本开头的shebang标识缺失#，不符合bash脚本规范
• for循环语法结构错误，缺少循环体起始关键字do，分号位置错乱，导致解释器无法识别循环结构，直接在执行到mkdir行时报语法错
• 复制源文件时未写绝对路径，若脚本未在原始phylip文件目录下运行，会出现找不到源文件的问题

可用修复脚本 #

#!/bin/bash

for f in *.phylip; 
 do
 mkdir /home/agalvez/data/sims/dollop/$f;
 cp /home/agalvez/data/sims/phylip_format/$f /home/agalvez/data/sims/dollop/$f;
 cd /home/agalvez/data/sims/dollop/$f;
 echo "$f" | cat > input;
 echo "U" | cat >> input;
 echo "5" | cat >> input;
 echo "Y" | cat >> input;
 echo "/home/agalvez/data/sims/trees/tree_nodenames.txt" | cat >> input;
 phylip dollop < input > screenout;
done

补充说明：运行前需确认/home/agalvez/data/sims/dollop父目录已提前创建，否则mkdir会抛出无对应路径错误；如果需要生成不带.phylip后缀的同名目录，将脚本中路径里的$f替换为${f%.phylip}即可。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Alex galvez morante