R语言将矩阵每行转为字符向量并存为命名列表的方法

现有一个记录生物通路与对应基因关联关系的0-1矩阵：

• 矩阵行对应生物通路
• 矩阵列对应相关基因
• 单元格取值为1代表对应基因存在于该通路中，取值为0代表不存在

示例矩阵构造代码：

mat=matrix(c(0,0,1,0,1,1,1,1,1), nrow = 3, ncol = 3)
row.names(mat) = c("pathwayX", "pathwayY", "pathwayZ")
colnames(mat) = c("Gene1", "Gene2", "Gene3")

构造完成的示例矩阵结构：

需要通过R语言生成两个符合pathfindR包自定义基因集输入要求的命名列表：

1. gene_sets列表：每个元素对应一个通路的全部组成基因，存储为字符向量，列表名与通路名一致。示例预期输出结构：

   > gene_sets
   $pathwayX
   [1] "Gene3"
   
   $pathwayY
   [1] "Gene2" "Gene3"
   
   $pathwayZ
   [1] "Gene1" "Gene2" "Gene3"
   

2. description列表：每个元素存储对应通路的名称字符向量，列表名与通路名一致。示例预期输出结构：

   > description
   $pathwayX
   [1] "pathwayX"
   
   $pathwayY
   [1] "pathwayY"
   
   $pathwayZ
   [1] "pathwayZ"
   

按行遍历矩阵，筛选取值为1的列名即可快速构造两个符合要求的列表，可直接传入pathfindR后续分析流程，代码如下：

# 构造基因集列表
gene_sets <- apply(mat, 1, function(row) {
  names(row[row == 1])
})

# 构造通路描述列表
description <- as.list(setNames(rownames(mat), rownames(mat)))

内容的提问来源于stack exchange，提问作者plicht