如何区分Excel中同名源/靶节点避免Cytoscape误合并？

Cytoscape默认将节点ID字段完全一致的条目判定为同一节点，要区分名称相同的独立蛋白，核心是给每个蛋白分配全局唯一的内部ID，不要直接用重复的蛋白名作为节点判定依据，具体操作如下：

• 预处理原始Excel互作表：新增两列，分别命名为source_uid、target_uid，给所有同名但实际独立的蛋白加唯一后缀做区分，比如两个同名的TP53蛋白，出现在源节点列的标记为TP53_s01，出现在靶节点列的标记为TP53_t01，存在多个同名蛋白时依次顺延编号，保证每个独立蛋白的uid全局不重复。原始的源蛋白名、靶蛋白名列保留不动，作为后续展示用的名称字段。
• 导入网络时配置字段映射：在Cytoscape网络导入设置面板，将source_uid指定为源节点ID，target_uid指定为靶节点ID，这一步操作后Cytoscape会生成完全独立的两个节点，不会自动合并同名条目。原始的蛋白名列映射为节点普通属性，可命名为protein_name，不要绑定到节点ID字段。
• 调整显示样式隐藏uid后缀：网络导入完成后进入「Style」设置面板，找到节点标签（Node Label）配置项，将标签取值从默认的节点ID字段切换为之前导入的protein_name属性。此时画布上的两个独立节点显示的标签为原始的相同蛋白名，但底层是完全分离的两个节点，可单独编辑属性、开展拓扑分析，不会互相干扰。

注意：后续做功能富集、注释匹配时，直接用protein_name字段对接注释数据库即可，uid列仅作为Cytoscape内部的节点区分标识，不会影响下游分析结果。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Alisha