M1架构Mac使用conda安装bioconda源blat包找不到包如何解决

• 需安装blat包以运行GAMMA程序开展序列突变分析，本地已完成bioconda配置，参考单行命令教程安装blat
• 此前曾在Intel架构Mac设备上成功安装blat，推测本次安装失败根源为blat暂未适配M1架构Mac设备；本人具备基础编程能力，无法确认是否存在操作疏漏，寻求可行解决方案参考

conda install -c bioconda blat

Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.

PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels:

  - blat

Current channels:

  - https://conda.anaconda.org/bioconda/osx-arm64
  - https://conda.anaconda.org/bioconda/noarch
  - https://conda.anaconda.org/conda-forge/osx-arm64
  - https://conda.anaconda.org/conda-forge/noarch

To search for alternate channels that may provide the conda package you're
looking for, navigate to

    https://anaconda.org

报错核心原因确认：从返回的channel列表可看出，当前conda默认检索osx-arm64（即M系列芯片原生架构）路径下的安装包，bioconda暂未上传该架构下的blat预编译包，因此触发找不到包的报错，和个人操作疏漏无关。可选择以下任意一种方案解决：

• 方案1：通过conda创建x86_64子环境安装（最推荐，依赖兼容性最好）
  M系列Mac自带Rosetta 2转译层，可无感知运行x86架构的程序，性能损耗对序列分析类工具几乎无影响。
  1. 终端执行命令创建指定x86架构的conda环境：

  CONDA_SUBDIR=osx-64 conda create -n gamma_env python=3.10 -y
  

  2. 激活新建的环境：

  conda activate gamma_env
  

  3. 固定该环境的包检索架构为x86_64，避免后续装包自动切回arm64架构：

  conda config --env --set subdir osx-64
  

  4. 执行原安装命令即可正常安装blat，后续GAMMA程序的所有依赖也都装在这个环境里，不会和原生arm环境的包冲突：

  conda install -c bioconda blat -y
  

• 方案2：手动下载UCSC官方预编译的blat二进制文件配置
  如果不想新建转译环境，可直接获取blat的可执行文件，添加执行权限后放到系统环境变量包含的路径下（如/usr/local/bin），终端输入blat能正常返回帮助信息即配置完成。该方案适合仅需要单独用blat的场景，如果后续GAMMA需要安装其他生物信息类依赖，还是优先选方案1避免架构混乱。

注意：不要随意添加非官方第三方conda源检索blat，这类源的包普遍版本老旧，存在依赖冲突甚至恶意修改的风险。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Kathleen