安装R包时报错'libRblas.so: 无此文件或目录'如何解决

问题表现 #

安装依赖libRblas.so（对应OpenBLAS）的R包（如imputeTS）时触发加载失败，报错信息：

Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
  unable to load shared object '/home/jay/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/fracdiff/libs/fracdiff.so':
  libRblas.so: cannot open shared object file: No such file or directory
Calls: <Anonymous> ... asNamespace -> loadNamespace -> library.dynam -> dyn.load
Execution halted

执行sessionInfo()查看，R已正确识别系统BLAS路径：

> sessionInfo()
R version 4.2.1 (2022-06-23)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 22.04 LTS

Matrix products: default
BLAS:   /usr/lib/x86_64-linux-gnu/openblas-pthread/libblas.so.3
LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/openblas-pthread/libopenblasp-r0.3.20.so

环境存在版本变更记录：此前源码编译安装过R 4.2.0，后续在源码目录执行./configure、make uninstall卸载，当前使用sudo apt install r-base-core安装的官方源R版本，初步判断为旧版本残留导致配置冲突。

已排查信息 #

• whereis R输出存在多版本路径：

~$ whereis R
R: /usr/bin/R /usr/lib/R /usr/lib64/R /etc/R /usr/local/lib/R /usr/share/R /usr/share/man/man1/R.1.gz

• 家目录下仅找到报错涉及的fracdiff.so，路径为~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/fracdiff/libs/fracdiff.so，全局搜索无libRblas.so、libRlapack.so文件。
• libopenblas-dev已为最新版本（0.3.20+ds-1）。
• 执行sudo update-alternatives --config libblas.so提示无可用候选项：

~$ sudo update-alternatives --config libblas.so
update-alternatives: error: no alternatives for libblas.so

根因 #

源码编译安装R默认部署到/usr/local/路径下，make uninstall无法完全清理所有残留文件，包括/usr/local/lib/R、/usr/lib64/R下的库文件、/usr/local/bin下的可执行文件。这些残留路径优先级高于系统源R的默认路径，会导致R加载第三方包时，优先查找源码编译版本R依赖的私有libRblas.so、libRlapack.so文件；而系统源版本R默认链接系统OpenBLAS，不会自带这两个私有库，最终触发文件不存在报错。同时家目录下之前用源码版R安装的第三方包，编译时硬编码了旧版本的库路径，也会加剧冲突。

修复操作 #

按顺序执行以下操作即可解决问题：

• 彻底删除旧源码版本R的残留文件

  sudo rm -rf /usr/local/lib/R /usr/lib64/R
  sudo rm -f /usr/local/bin/R /usr/local/bin/Rscript
  

• 补全系统源R的开发依赖，刷新动态链接库缓存

  sudo apt update
  sudo apt install -y r-base-dev libblas-dev liblapack-dev
  sudo ldconfig
  

• 清理旧版本编译的第三方R包，避免硬编码依赖冲突

  rm -rf ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/
  

• 验证当前R路径
  执行which R，确认输出为/usr/bin/R即为正常，重启R后重新安装需要的R包即可。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者jay.sf