ggplot2中如何手动自定义Y轴分类的排列顺序？

ggplot2 对离散坐标轴的默认排序逻辑是：如果映射的列是字符型，会自动按字母顺序转换为因子，再按照因子的水平（levels）顺序排列轴标签，这就是反向比较项被字母顺序拆开的原因。要自定义顺序只需要手动指定因子水平/轴标度限制即可，不需要修改底层默认排序算法。

操作步骤 #

• 第一步：先整理你想要的轴排列顺序，把互为反向的比较项相邻排列，做成一个字符向量，注意要覆盖该分组列的所有唯一值，漏写的分组会在图中被丢弃。以你提到的主动脉内皮/生血内皮比较为例，顺序向量写法参考：

# 把你所有的比较分组按照想要的相邻规则补全即可
y_axis_order <- c("AEvsHE", "HEvsAE", "组1vs组2", "组2vs组1", "组1vs组3", "组3vs组1")

• 第二步：两种方式应用自定义顺序，选一种即可
  1. 提前修改数据源，把对应分组列转为自定义水平的因子：

  # 注意：你原代码里把comparison映射到了X轴、DEG映射到了Y轴，如果要把比较分组放在Y轴，记得调整aes里的映射关系
  cl$comparison <- factor(cl$comparison, levels = y_axis_order)
  

  2. 不修改原数据，直接在绘图代码里加标度设置指定轴顺序：
     如果比较分组在Y轴，加scale_y_discrete(limits = y_axis_order)；如果在X轴就换成scale_x_discrete(limits = y_axis_order)。

修改后的参考绘图代码 #

按照你描述的「比较分组在Y轴」的需求，调整后的完整代码如下：

# 先自定义你需要的Y轴顺序，补全所有比较组
y_axis_order <- c("AEvsHE", "HEvsAE") # 自行补全剩余分组

ggplot(cl,aes(y=comparison, x=DEG, size=enrichment))+
    geom_point(alpha=0.5)+
    scale_size(range=c(1,5), name="enrichment")+
    scale_y_discrete(limits = y_axis_order) + # 手动指定Y轴排列顺序
    theme_bw()

小提示：如果你的比较组数量非常多，手动列顺序效率低，也可以写一段简单的字符串处理代码，自动把"vs"前后内容翻转的配对项排在一起，但是分组数量不多的情况下手动列顺序是最稳妥、完全符合预期的方式。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者melita.t.r