R语言write.table追加列表元素列名不匹配报错的解决方法

我有一个由不同变量表组成的列表，可复现的示例代码如下（注：原代码中iris[,i]需修正为iris[,ii]才能正常运行）：

results <- list()
for(ii in names(iris)[1:4]) {
  mytab <- table(iris[,ii] > mean(iris[,ii]), iris$Species)
  myp <- chisq.test(mytab)$p.value
  results[[ii]] <- as.data.frame(cbind(mytab, P.value=myp))
  results[[ii]] <- tibble::rownames_to_column(results[[ii]], ii)
}

在旧版R（至少4.0版本）中，我曾用以下代码将所有表追加写入myfile.txt：

lapply(results, function(x) write.table(x, "myfile.txt", append=T, sep="\t", quote=F, row.names=F))

该代码在2021年底前可正常运行，但现在报错：

Error in write.table(x, "myfile.txt", append = T, sep = "\t", quote = T,  : 
  (converted from warning) appending column names to file

我知道报错原因是追加的表列名不匹配，但只需要输出所有表内容。想问有没有办法强制忽略列名不匹配进行追加？试过col.names=NA，但收到“row.names=F时使用col.names=NA无意义”的错误。是否必须用sink这类函数？希望输出保持制表符分隔格式。

无需使用sink，可以通过控制列名的输出时机来解决问题，以下是两种可行方法：

方法一：仅首次写入时输出列名 #

如果需要保留第一个表的列名，后续表只输出内容不重复列名，可以用循环控制col.names参数，仅在第一次写入时设为TRUE：

# 先创建/清空目标文件（若需覆盖旧文件）
file.create("myfile.txt")

# 循环写入列表中的每个表
for (idx in seq_along(results)) {
  write.table(results[[idx]], 
              file = "myfile.txt",
              append = TRUE,
              sep = "\t",
              quote = FALSE,
              row.names = FALSE,
              col.names = idx == 1)  # 仅首次写入输出列名
}

方法二：完全不输出列名 #

如果不需要任何列名，直接输出所有表的内容，只需在write.table中设置col.names = FALSE即可：

file.create("myfile.txt")
lapply(results, function(x) {
  write.table(x, 
              "myfile.txt", 
              append = TRUE, 
              sep = "\t", 
              quote = FALSE, 
              row.names = FALSE,
              col.names = FALSE)
})

这两种方法都能避免因列名不匹配导致的报错，同时保持制表符分隔的输出格式。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者ktmbiome