如何为MAF文件中s开头的奇偶行第二列添加指定前缀？

问题分析 #

你当前的awk命令用全局行号NR%2判断，会跨a块计数，导致不同块的s行前缀混乱。正确的做法是在每个a块内部单独计数，给每个块下的第一个s行加species1.，第二个加species2.。

解决方案 #

使用以下awk命令：

awk '/^a/{cnt=0} /^s/{cnt++; $2=(cnt==1?"species1.":"species2.")$2} 1' input.maf > output.maf

命令解释 #

• /^a/{cnt=0}：每遇到以a开头的行，重置计数器cnt为0
• /^s/{cnt++; $2=(cnt==1?"species1.":"species2.")$2}：遇到s行时，计数器加1，给第二列拼接对应的物种前缀
• 1：输出所有行（包括修改后的s行和未修改的其他行）

效果验证 #

运行命令后，输入文件会被处理成目标格式：

##maf version=1
a score=-1274
s species1.Chr10 34972197 2927 + 190919061 AACCTTGGGG
s species2.Chr11 36777315 2442 + 244384623 AACCTTGGGG

a score=-60687
s species1.Chr1 81897274 61972 + 159217232 CGTTTTCCCGG
s species2.Chr1 33997294 32248 + 200980605 CGTTTTCCCGG

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Eric González