求助：运行chromHMM.py时出现NameError，myPars未定义

错误原因 #

你在chromHMM.py中直接引用myPars，但myPars是定义在utils.py模块内的变量，并非全局变量。即使导入了utils模块，也不能直接使用模块内的变量，必须通过模块名访问或显式导入该变量。

解决方案 #

方案1：显式导入myPars变量 #

修改chromHMM.py的导入语句：

# 替换原来的 import utils
from utils import myPars

修改后即可直接在代码中使用myPars['chromHMM_jar']。

方案2：通过模块名访问myPars #

如果不想修改导入方式，就在使用myPars的地方加上模块前缀：

# 将第43行的代码修改为
input.add_argument('-bin',"--chromHMM_jar",  help="chromHMM bin location",default=utils.myPars['chromHMM_jar'])

注意：此方案要求你已经通过import utils语句导入了utils模块。

额外检查：确保模块导入路径正确 #

由于chromHMM.py在bin目录，utils.py在utils目录，可能存在Python找不到utils模块的情况。可以在chromHMM.py开头添加以下代码，将项目根目录加入Python搜索路径：

import os
import sys
sys.path.append(os.path.dirname(os.path.dirname(os.path.realpath(__file__))))

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Konstantinos Tsomakian