如何解决程序化映射UniProt ID时出现的404/405客户端错误

第一个脚本（idmapping/run 500内部服务器错误） #

原代码使用GET请求调用/idmapping/run接口，但该接口仅支持POST请求，同时需确保协议为HTTPS（错误返回中的HTTP URL可能是API内部跳转异常导致）。修正后的代码如下：

import requests
API_URL = "https://rest.uniprot.org"

def submit_id_mapping(from_db, to_db, ids):
    request = requests.post(
        f"{API_URL}/idmapping/run",
        data={"from": from_db, "to": to_db, "ids": ",".join(ids)},
        headers={"Content-Type": "application/x-www-form-urlencoded"}
    )
    request.raise_for_status()  # 取消注释可快速定位请求错误
    return request.json()

submit_id_mapping(from_db="UniProtKB_AC-ID", to_db="ChEMBL", ids=["P05067", "P12345"])

错误原因： #

1. 官方文档示例可能存在更新滞后，/idmapping/run接口仅接受POST请求，GET请求会触发服务器内部错误。
2. 请求需使用HTTPS协议，避免HTTP与HTTPS协议不一致引发的跳转问题。

第二个脚本（uploadlists 405方法不允许错误） #

原代码使用POST请求调用uploadlists接口，但该接口仅支持GET请求，导致405错误。修正后的代码如下：

import urllib.parse
import urllib.request

in_f = open("filename")
url = 'https://www.uniprot.org/uploadlists/'

ids = in_f.read().splitlines()
ids_s = " ".join(ids)

params = {
    'from': 'PDB_ID',
    'to': 'ACC',
    'format': 'tab',
    'query': ids_s
}

# 将参数编码后拼接至URL，使用GET请求
url_with_params = url + '?' + urllib.parse.urlencode(params)
req = urllib.request.Request(url_with_params, method='GET')
with urllib.request.urlopen(req) as f:
    response = f.read()
print(response.decode('utf-8'))

错误原因： #

uploadlists接口设计为仅接受GET请求，参数需通过URL查询字符串传递，而非POST请求体。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Caterina