R语言合并两个数据框出错，无法得到预期输出求解决

你的问题核心是Dataset2存在重复的Fips+Date组合，直接merge会把这些重复行都匹配到Dataset1的对应行，同时默认的内连接逻辑也会导致结果不符合预期。以下是具体解决方法：

方法1：基础merge函数实现 #

先对Dataset2去重，保留每个Fips+Date+County组合的唯一记录，再用左连接确保只保留Dataset1的行：

# 去除Dataset2中重复的Fips+Date+County行，保留第一个匹配项
Dataset2_clean <- Dataset2[!duplicated(Dataset2[, c("Fips", "Date", "County")]), ]

# 左连接：保留Dataset1所有行，匹配Dataset2中的对应记录
Desired_output <- merge(Dataset1, Dataset2_clean, 
                        by = c("Fips", "Date", "County"), 
                        all.x = TRUE)

方法2：dplyr包（更简洁直观） #

如果你习惯tidyverse语法，用left_join配合distinct去重：

library(dplyr)

Desired_output <- Dataset1 %>%
  left_join(
    Dataset2 %>% distinct(Fips, Date, County, .keep_all = TRUE),
    by = c("Fips", "Date", "County")
  )

关键说明 #

1. 去重的必要性：Dataset2中存在如21001+01-04-2004的重复行，直接合并会导致Dataset1的对应行被重复匹配，产生多余结果。
2. 左连接的作用：all.x=TRUE（或left_join）确保只保留Dataset1中的所有行，不会引入Dataset2里无关的记录（比如21017 Bourbon这类Dataset1没有的行）。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者nibs