执行脚本触发MAGICFFI版本断言错误,寻求排查方案
问题排查:libmagic版本不匹配导致断言失败
错误信息
线程#<SB-THREAD:THREAD "main thread" RUNNING {1003A70003}>中出现未处理的SIMPLE-ERROR:断言(COMMON-LISP:= (MAGICFFI::MAGIC-VERSION) MAGICFFI::+MAGIC-VERSION+)失败,其中(MAGICFFI::MAGIC-VERSION)=533。
脚本作者回复
这是来自libmagic(通过FFI调用)的错误,提示头文件版本与共享库不一致。问题在于你的shell环境(如bash)混淆了系统环境(/usr/lib、/usr/include中的库)与miniconda环境。请检查你的CPATH、LD_LIBRARY_PATH、~/.bashrc、~/.bash_profile、~/.profile。
已检查的环境变量与配置
CPATH变量内容
/g100_work/PROJECTS/spack/v0.16/install/0.16.2/linux-centos8-skylake_avx512/gcc-8.3.1/anaconda3-2020.07-l2bohj4adsd6r2oweeytdzrgqmjl64lt/bin/conda' 'shell.bash'
.bashrc配置内容
/g100_work/PROJECTS/spack/v0.16/install/0.16.2/linux-centos8-skylake_avx512/gcc-8.3.1/anaconda3-2020.07-l2bohj4adsd6r2oweeytdzrgqmjl64lt/etc/profile.d/conda.sh /g100_work/PROJECTS/spack/v0.16/install/0.16.2/linux-centos8-skylake_avx512/gcc-8.3.1/anaconda3-2020.07-l2bohj4adsd6r2oweeytdzrgqmjl64lt/bin:$PATH
疑问
作为环境问题排查新手,请问问题出在哪?还需进行哪些操作?
内容的提问来源于stack exchange,提问作者RandomFellow
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