RMarkdown无法编织求助：重复提示需更新knitr等相关包

结合你使用的环境（R 3.5.1 + RStudio 1.3.1093 + macOS El Capitan），这个问题大概率是版本兼容性不匹配或者系统权限/包路径问题导致的，给你几个可落地的排查和解决步骤：

1. 安装适配R 3.5.1的旧版本包 #

R 3.5.1是2018年的老版本，目前主流的knitr、rmarkdown已经不再支持它了（比如rmarkdown 2.0+要求R >= 3.6.0）。你手动安装时默认会拉取最新版，但这些新版本在你的R环境里无法正常运行，所以需要指定兼容的旧版本：

首先安装devtools（如果还没装）：

install.packages("devtools")

然后安装对应版本的依赖包：

devtools::install_version("knitr", version = "1.29")  # 最后支持R3.5的版本
devtools::install_version("rmarkdown", version = "1.19")
devtools::install_version("tinytex", version = "0.25")

2. 检查包安装路径与权限 #

macOS El Capitan的系统权限限制严格，RStudio可能没有权限写入系统级的包目录。可以尝试把包安装到用户专属的库路径：

运行以下命令安装：

install.packages(
  c("knitr", "rmarkdown", "tinytex"),
  lib = Sys.getenv("R_LIBS_USER")
)

之后在RStudio中设置优先加载用户库：

• 打开 Tools -> Global Options -> Packages
• 将用户库（路径通常是~/Library/R/3.5/library）移到列表最顶部，确保RStudio优先加载这里的包

3. 清理缓存并重启环境 #

有时候RStudio的缓存会导致包版本识别异常，试试以下操作：

• 完全关闭RStudio，重新打开
• 先卸载之前安装的不兼容包：

  remove.packages(c("knitr", "rmarkdown", "tinytex"))
  

• 再重新安装适配版本的包（步骤1的命令）
• 编织前先手动加载包，确认无报错：

  library(knitr)
  library(rmarkdown)
  

4. 升级R版本（可选但推荐） #

El Capitan最高支持到R 3.6.3（R 4.0+需要更高版本的macOS），升级到R 3.6.3后，你可以安装更新的knitr、rmarkdown版本，兼容性会好很多：

• 下载R 3.6.3安装包并安装
• 打开RStudio，它会自动识别新的R版本
• 运行install.packages(c("knitr", "rmarkdown", "tinytex"))安装最新兼容版本

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Dan