含np.nan几何值的DataFrame转GeoDataFrame报错的解决方法

问题场景 #

将包含np.nan几何值的Pandas DataFrame转换为GeoDataFrame时，直接调用wkt.loads会触发TypeError: Only str is accepted.，因为wkt.loads无法处理非字符串类型的空值，同时需要保留含空值的行，不能删除。

修正后的基础代码（先修正原代码笔误） #

原代码存在两处笔误：DataFrame的列名未加引号，以及后续引用列名时写错（geom应为geo），修正后代码如下：

import pandas as pd
import geopandas as gpd 
import numpy as np
from shapely import wkt

df = pd.DataFrame({
                   'id': [0, 1, 2, 3],
                   'geo': [
                         'POLYGON ((35.067912 -106.700884, 35.066714 -106.70128, 35.066555 -106.700697, 35.066492 -106.700468, 35.066134 -106.700367, 35.066088 -106.700129, 35.066062 -106.700005, 35.067519 -106.699412, 35.06763 -106.69937, 35.067659 -106.699537, 35.067737 -106.699977, 35.067814 -106.700378, 35.067891 -106.700773, 35.067912 -106.700884))', 
                         np.nan,
                         'POLYGON ((35.067912 -106.700884, 35.066714 -106.70128, 35.066555 -106.700697, 35.066492 -106.700468, 35.066134 -106.700367, 35.066088 -106.700129, 35.066062 -106.700005, 35.067519 -106.699412, 35.06763 -106.69937, 35.067659 -106.699537, 35.067737 -106.699977, 35.067814 -106.700378, 35.067891 -106.700773, 35.067912 -106.700884))',
                         np.nan
                        ]
                  })

解决方案1：自定义函数处理空值 #

通过自定义函数，对空值返回None（GeoPandas会将其识别为空几何），非空值调用wkt.loads解析：

def parse_wkt(geo_str):
    if pd.isna(geo_str):
        return None
    return wkt.loads(geo_str)

usgeo = gpd.GeoDataFrame(df)
usgeo['geometry'] = usgeo['geo'].apply(parse_wkt)
# 可选：根据数据实际坐标系设置，示例为WGS84
usgeo = usgeo.set_crs("EPSG:4326")

解决方案2：使用GeoPandas内置的from_wkt方法（推荐） #

GeoPandas提供了gpd.GeoSeries.from_wkt方法，原生支持处理空值，无需自定义函数：

# 直接将geo列转换为GeoSeries，自动处理空值
usgeo = gpd.GeoDataFrame(df, geometry=gpd.GeoSeries.from_wkt(df['geo']))
# 可选：根据数据实际坐标系设置，示例为WGS84
usgeo = usgeo.set_crs("EPSG:4326")

效果说明 #

两种方法都能保留含np.nan的行，转换后的GeoDataFrame中，空值对应的geometry列会被标记为None（在GeoPandas中代表空几何），不会丢失任何数据行。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者kms