如何按月份计算数据框中空腹鱼占比及猎物存在/缺失比例？

问题背景 #

我有鱼类胃内容物（猎物）数据：原始为长格式（每条鱼对应唯一FID，每行代表一种检出的猎物类群），已转换为宽格式（每行对应一条鱼）。需要完成：

• 按月份计算空腹鱼占比（即totalnumPrey == 0的个体占比）
• 计算每种猎物类群的存在/缺失占比（比如含Isopod的鱼类占比）
  后续还需支持其他分组维度的统计。

之前尝试的代码报错：

example %>%
      group_by(empty, MONTH) %>%
      summarise(totalnumPrey = n()) %>%
      mutate(prop = n / sum(n))

错误信息：

Error in `mutate()`:
! Problem while computing `prop = n/sum(n)`.
ℹ The error occurred in group 1: empty = "Empty".
Caused by error in `sum()`:
! invalid 'type' (closure) of argument

错误原因 #

1. 变量名错误：summarise中把计数结果命名为totalnumPrey，但后续mutate里误用了不存在的变量n
2. 分组逻辑错误：计算每月空腹占比应按MONTH分组，而非同时按empty和MONTH分组，否则无法在组内计算占比。

解决方案 #

1. 按月份计算空腹鱼占比 #

基于宽格式数据（每行对应一条鱼），两种实现方式：

# 方式1：直接统计总数与空腹数
empty_monthly_prop <- example %>%
  group_by(MONTH) %>%
  summarise(
    total_fish = n(),
    empty_fish = sum(totalnumPrey == 0),
    empty_proportion = empty_fish / total_fish
  )

# 方式2：用count简化流程
empty_monthly_prop <- example %>%
  mutate(is_empty = totalnumPrey == 0) %>%
  count(MONTH, is_empty) %>%
  group_by(MONTH) %>%
  mutate(proportion = n / sum(n)) %>%
  filter(is_empty) %>%
  select(MONTH, empty_proportion = proportion)

2. 计算每种猎物类群的存在占比 #

假设宽格式数据中，猎物类群为二进制列（1=存在，0=不存在），用across批量处理所有猎物列：

# 按月份统计所有猎物类群的存在占比
prey_monthly_prop <- example %>%
  group_by(MONTH) %>%
  summarise(
    total_fish = n(),
    # 替换为你的猎物列范围，比如Isopod:Copepod，或matches("prey_")匹配列名
    across(Isopod:Copepod, ~ sum(.x == 1) / total_fish, .names = "{.col}_prop")
  )

# 支持多维度分组（比如加物种、区域）
prey_multi_prop <- example %>%
  group_by(MONTH, Species, Region) %>%
  summarise(
    total_fish = n(),
    across(Isopod:Copepod, ~ sum(.x == 1) / total_fish, .names = "{.col}_prop")
  )

补充处理 #

如果猎物列是计数型（记录该猎物的数量），需先转换为存在/缺失的二进制值：

example <- example %>%
  mutate(across(Isopod:Copepod, ~ as.integer(.x > 0)))

内容的提问来源于stack exchange，提问作者FishyFishies