CentOS7下R3.6.0安装DADA2时RcppEigen编译失败如何解决？

问题原因 #

CentOS 7默认的GCC编译器版本为4.8.5，对C++标准的支持有限，而RcppEigen编译时用到的FCONE宏是高版本GCC引入的特性，低版本编译器无法识别，导致编译报错。

解决方案 #

方案一：升级系统编译器（推荐）

CentOS 7可以通过SCL软件源安装高版本GCC，步骤如下：

• 安装SCL源：

  yum install centos-release-scl
  

• 安装GCC 9.x版本：

  yum install devtoolset-9-gcc devtoolset-9-gcc-c++
  

• 临时激活GCC 9环境（当前终端有效）：

  scl enable devtoolset-9 bash
  

  若要永久生效，可将以下内容添加到~/.bashrc文件末尾：

  source /opt/rh/devtoolset-9/enable
  

• 在激活GCC 9的终端中启动R，先安装对应版本的RcppEigen，再安装DADA2：

  # 安装DADA2 v1.16依赖的RcppEigen版本
  devtools::install_version("RcppEigen", version = "0.3.3.9.1")
  # 安装DADA2
  devtools::install_github("benjjneb/dada2", ref = "v1.16")
  

方案二：修改RcppEigen源码（临时 workaround）

若无法升级编译器，可手动修改RcppEigen的源码替换FCONE宏：

• 下载对应版本的RcppEigen源码包：

  wget https://cran.r-project.org/src/contrib/RcppEigen_0.3.3.9.1.tar.gz
  

• 解压源码包：

  tar zxf RcppEigen_0.3.3.9.1.tar.gz
  

• 编辑RcppEigen/src/fastLm.cpp文件，将第147行和151行的FCONE替换为(void*)0
• 安装修改后的RcppEigen：

  R CMD INSTALL RcppEigen
  

• 启动R，安装DADA2：

  devtools::install_github("benjjneb/dada2", ref = "v1.16")
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者IceMajor