Biomart脚本连接uswest.ensembl.org超时,求可用替代Host地址
解决Ensembl Biomart Host超时问题
当uswest.ensembl.org节点超时无法连接时,可替换为以下稳定的Ensembl节点:
- 欧洲主节点:
www.ensembl.org(官方主节点,稳定性最优) - 亚太区域节点:
asia.ensembl.org(适合亚太地区用户,网络延迟更低) - 版本归档节点:
[对应版本号].archive.ensembl.org(如nov2023.archive.ensembl.org,适用于需要特定版本Ensembl数据的场景)
修改后的示例代码:
if (params$species == "rabbit"){ ensembl = useMart(biomart="ENSEMBL_MART_ENSEMBL", dataset="ocuniculus_gene_ensembl", host="www.ensembl.org", ensemblRedirect = FALSE) orgSymbols <- unlist(getBM(attributes = 'ensembl_gene_id', mart=ensembl)) mart <- useMart(dataset = "ocuniculus_gene_ensembl", biomart='ensembl', host="www.ensembl.org") }
注意事项:
- 使用归档节点时,需确认目标版本的Ensembl数据库包含兔(
ocuniculus_gene_ensembl)的数据集 - 优先选择就近区域节点,可大幅降低网络超时概率
内容的提问来源于stack exchange,提问作者Rob Staruch
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