如何按月份统计各类群存在/缺失情况并绘制ggplot柱状图？

1. 数据汇总：按月统计类群存在/缺失 #

你的需求是按月判断每个类群是否存在（即该月份至少有一条鱼的胃中包含此类群），可以通过分组后取最大值实现（只要该月份有1条鱼的类群值为1，最大值就是1，代表存在；全为0则最大值为0，代表缺失）。

首先加载所需包：

library(dplyr)
library(tidyr)
library(ggplot2)

然后对数据进行分组汇总：

# 按月份分组，对每个类群列取最大值
monthly_presence <- df %>%
  # 保留月份和所有类群列（排除id、totalnumPrey、empty等非类群列）
  select(MONTH, Daphnia:Eurycercidae) %>%
  group_by(MONTH) %>%
  # 对每个类群列计算最大值，判断该月份是否存在
  summarize(across(everything(), max, na.rm = TRUE)) %>%
  # 重命名月份列
  rename(月份 = MONTH)

# 查看结果
monthly_presence

执行后会得到你期望的宽格式汇总表，对应你的数据的示例输出：

2. 转换为长格式（方便ggplot绘图） #

ggplot更适合长格式数据，所以需要将宽格式转换为长格式：

long_data <- monthly_presence %>%
  pivot_longer(cols = -月份, names_to = "类群", values_to = "存在状态") %>%
  # 过滤掉始终为0的类群（可选，减少冗余）
  filter(存在状态 == 1)

3. 绘制柱状图 #

参考你提供的示例图，我们可以绘制分面柱状图，每个月份为一个分面，展示该月份存在的类群：

ggplot(long_data, aes(x = 类群, y = 存在状态)) +
  geom_bar(stat = "identity", fill = "#2E8B57") +
  # 按月份分面
  facet_wrap(~月份, ncol = 2) +
  # 调整坐标轴和标签
  labs(x = "类群", y = "存在状态", title = "鱼类胃容物类群按月存在情况") +
  theme_bw() +
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1))

如果需要将所有月份的类群并列展示，也可以调整为：

ggplot(long_data, aes(x = factor(月份), y = 存在状态, fill = 类群)) +
  geom_bar(stat = "identity", position = "dodge") +
  labs(x = "月份", y = "存在状态", title = "鱼类胃容物类群按月存在情况") +
  theme_bw()

补充说明 #

• 如果你使用data.table处理数据，也可以用类似逻辑：

library(data.table)
setDT(df)
monthly_presence_dt <- df[, lapply(.SD, max, na.rm = TRUE), by = MONTH, .SDcols = Daphnia:Eurycercidae]
setnames(monthly_presence_dt, "MONTH", "月份")

内容的提问来源于stack exchange，提问作者FishyFishies