执行Seurat多组学教程脚本时遇/bin/sh命令错误求助

错误原因 #

这个错误说明你的R代码被当成Shell命令执行了，而非在R环境中运行。

解决步骤 #

• 确认执行环境：确保在RStudio的Console面板或R Script编辑器中运行代码，不要在Terminal面板（Shell环境）中执行R代码。
• 正确运行脚本：在R Script中选中代码后，点击编辑器右上角的「Run」按钮，或使用快捷键Ctrl+Enter（Windows/Linux）/Cmd+Enter（Mac）逐行执行。
• 验证文件路径：
  1. 用getwd()查看当前R工作目录，确认multimodal_data文件夹存在于该目录下。
  2. 执行list.files("multimodal_data")检查目标文件GSE100866_CBMC_8K_13AB_10X-RNA_umi.csv.gz是否存在。
• 确认包已安装：如果是首次运行，先执行以下命令安装依赖包：

install.packages(c("Seurat", "ggplot2", "patchwork"))

再加载包并运行数据导入代码。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Akira