为何argparse无法识别我的输入文件？

核心问题是你在调用LoadSDF和WriteSDF时，错误地将args.input和args.output包裹在了字符串引号中。Python会把r"args.input"识别为字面量字符串'args.input'，而不是去读取argparse解析得到的实际文件路径，这就是为什么报错说找不到'args.input'这个文件。

修正后的完整代码 #

import argparse
from rdkit.Chem import PandasTools

parser = argparse.ArgumentParser(description='Convert SDF file')
parser.add_argument("-i", "--input", help="path to input sdf file", required=True)
parser.add_argument("-o", "--output", help="path to output sdf file", required=True)
args = parser.parse_args()

# 直接引用args.input和args.output变量，不要加引号
df = PandasTools.LoadSDF(args.input) 
PandasTools.WriteSDF(df, args.output, properties=list(df.columns))

关键修改说明 #

• 移除字符串引号：把r"args.input"改为args.input，r"args.output"改为args.output，让Python正确引用argparse解析后的参数值
• 添加必填参数约束：给add_argument加上required=True，确保用户必须传入输入和输出路径，避免因参数缺失引发其他异常
• 简化导入语句：不需要单独导入rdkit和pandas，PandasTools已经包含了所需的依赖模块

运行命令保持不变：

python script.py --input file.sdf --output file2.sdf

内容的提问来源于stack exchange，提问作者DK_chemistry