Snakefile使用workflow.get_source()报错：Workflow对象无该属性

• 不需要额外导入模块，报错核心原因是Snakemake版本不支持get_source方法。该方法是Snakemake 7.15.0版本之后新增的API，若本地版本低于此，就会触发'Workflow' object has no attribute 'get_source'错误。

  • 可执行snakemake --version查看当前版本，若版本过低，运行pip install --upgrade snakemake升级到符合要求的版本即可正常使用该方法。

• 若无法升级版本，可使用兼容绝大多数Snakemake版本的替代方案：用workflow.basedir拼接相对路径，示例代码如下：

  import os
  
  rule process_static_input:
      input:
          # 拼接Snakefile所在目录与静态文件的相对路径
          os.path.join(workflow.basedir, "path/relative/to/snakefile")
      output:
          "output_dir/result.txt"
      shell:
          "your_command {input} > {output}"
  

  workflow.basedir会自动返回Snakefile所在的绝对路径，结合相对路径即可准确定位到静态输入文件。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者newuser