Mac M1芯片环境下无法安装Bioconda包fastp、bowtie1求助

方法一：使用x86_64架构conda环境 #

M1为arm64架构，部分Bioconda包暂无arm版本，通过Rosetta 2模拟x86环境可解决兼容性问题：

• 创建x86架构环境：

  CONDA_SUBDIR=osx-64 conda create -n x86_env python=3.9
  

• 激活环境：

  conda activate x86_env
  

• 设置环境默认使用x86架构：

  conda config --env --set subdir osx-64
  

• 安装目标包：

  conda install -c bioconda fastp bowtie1
  

方法二：源码编译fastp #

不想切换架构时，可手动编译fastp源码：

• 安装编译依赖：

  conda install -c conda-forge cmake zlib
  

• 克隆源码并进入目录：

  git clone https://github.com/OpenGene/fastp.git
  cd fastp
  

• 编译并安装：

  mkdir build && cd build
  cmake .. && make
  make install
  

方法三：Homebrew安装bowtie1 #

若bowtie1也存在架构兼容问题，可尝试用Homebrew安装：

brew install bowtie

内容的提问来源于stack exchange，提问作者ewjc