如何在Complexheatmap绘制的Oncoprint旁添加显著性星号？

问题描述 #

我已使用R中的ComplexHeatmap包绘制出Oncoprint，当前代码如下：

column_title = "OncoPrint "
heatmap_legend_param = list(title = "Alternations", at = c("UP", "AMP", "MUT"), 
                            labels = c("Over Expression", "Amplification", "Mutation"))
oncoPrint(df1,
          alter_fun = alter_fun, col = col, 
          column_title = column_title, heatmap_legend_param = heatmap_legend_param, 
          right_annotation  = NULL, top_annotation = NULL, row_names_side = "left",
          show_pct = FALSE)

我希望在该Oncoprint旁添加类似样式的显著性星号（如单星*、双星**、三星***标注），尝试过结合ComplexHeatmap与ggplot2但无法兼容，想了解是否有可行方法实现？

可行解决方案 #

ComplexHeatmap基于grid绘图系统，无需结合ggplot2，直接用内置注释功能或grid包即可实现需求，以下是两种实用方法：

方法1：利用rowAnnotation批量添加显著性星号 #

适合给所有基因行统一添加标记，步骤如下：

1. 准备好对应每行基因的显著性星号向量（比如sig_stars，元素为*、**、***或空字符串）；
2. 创建行注释对象；
3. 在绘制OncoPrint时将注释绑定到热图一侧。

示例代码：

# 示例：假设df1有5行基因，对应显著性星号
sig_stars <- c("*", "", "***", "**", "*")

# 创建右侧行注释
sig_anno <- rowAnnotation(
  significance = anno_text(
    sig_stars,
    location = 0.5, # 水平居中
    gp = gpar(fontsize = 12, fontface = "bold", col = "red") # 设置星号样式
  ),
  width = unit(0.5, "cm") # 注释栏宽度
)

# 绘制带注释的OncoPrint
oncoPrint(df1,
          alter_fun = alter_fun, col = col, 
          column_title = column_title, heatmap_legend_param = heatmap_legend_param, 
          right_annotation = sig_anno, # 把注释放在热图右侧
          top_annotation = NULL, row_names_side = "left",
          show_pct = FALSE)

方法2：绘图后用grid包手动添加星号 #

适合给特定行添加标记，或需要灵活调整星号位置的场景：

1. 先绘制OncoPrint并渲染到设备；
2. 获取目标行的坐标；
3. 用grid.text逐个添加星号。

示例代码：

# 先绘制OncoPrint
p <- oncoPrint(df1,
               alter_fun = alter_fun, col = col, 
               column_title = column_title, heatmap_legend_param = heatmap_legend_param, 
               right_annotation  = NULL, top_annotation = NULL, row_names_side = "left",
               show_pct = FALSE)
draw(p) # 将图渲染到当前绘图设备

# 获取每行基因的y轴坐标（基于grid的npc坐标系）
n_rows <- nrow(df1)
y_coords <- seq(from = 1 - 1/(2*n_rows), to = 1/(2*n_rows), length.out = n_rows)

# 给第1、3、5行添加星号
target_rows <- c(1, 3, 5)
stars <- c("*", "***", "**")

# 循环添加星号
for(i in seq_along(target_rows)){
  grid.text(
    stars[i],
    x = unit(1.02, "npc"), # x坐标：稍超出热图右侧
    y = unit(y_coords[target_rows[i]], "npc"), # 对应行的y坐标
    gp = gpar(fontsize = 14, col = "red", fontface = "bold")
  )
}

注意事项 #

• 方法1更规范，适合批量处理所有行的标记；
• 方法2灵活性更高，可针对特定行调整星号的位置、大小和颜色；
• 无需依赖ggplot2，ComplexHeatmap本身基于grid生态，直接用相关工具即可完成需求。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Lili