如何查看cmdstanr采样输出的environment对象占用的内存？

调用cmdstanr的sample()方法返回的fit是环境对象，RStudio环境浏览器不会自动显示它的内存占用，你可以用下面几种方法查看：

• 用pryr包的object_size()：这个函数会递归计算环境及其包含的所有对象的总内存，比base R的工具更准确，因为它会处理环境里的嵌套内容。

  # 先装包（没装过的话）
  install.packages("pryr")
  library(pryr)
  
  # 计算内存
  object_size(fit)
  

• 用lobstr包的obj_size()：和pryr的工具类似，结果展示更清晰，同样会递归统计所有关联对象的内存：

  install.packages("lobstr")
  library(lobstr)
  
  obj_size(fit)
  

• base R手动递归计算：base R自带的object.size()默认不会遍历环境内容，得自己写个小函数来递归统计：

  # 定义递归计算环境内存的函数
  env_size <- function(e) {
    sum(sapply(ls(e), function(x) object.size(get(x, e)))) + object.size(e)
  }
  
  # 计算fit的内存占用
  env_size(fit)
  

小提示 #

pryr和lobstr的工具会自动处理共享对象，不会重复计算内存；如果fit里引用了原始数据这类大对象，结果会包含这部分内存，要是只想看拟合结果本身的大小，可能需要先把数据从环境里移除再计算。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者socialscientist