在Ubuntu的Shiny App中通过SSH隧道连MySQL遇权限/连接错误求助

环境与现象 #

Windows 10 RStudio中可正常运行的代码 #

library(RMySQL)
library(ssh)
library(callr)

rs <- r_session$new(wait = TRUE, wait_timeout = 3500)

rs$call(function(){
  session <- ssh::ssh_connect('<ssh-user>@<remote-ip-address>', keyfile = "<path-to-.pem-file>", verbose = FALSE)
  
  ssh::ssh_tunnel(session, port=3306, target = "127.0.0.1:3306")
})

# Connect to TRAQ DB.
Sys.sleep(1)

db-connection <- dbConnect(MySQL(), user = '<remote-user-name>', password = '<remote-password>', dbname = '<remote-database>', port=3306, host='127.0.0.1')

注：原代码中db-connection是无效变量名，R中不能用减号，实际运行需改为db_connection。

Ubuntu 22虚拟机Shiny中的错误 #

• 使用localhost作为host时：

  ERROR 1044 (42000): Access denied for user '<remote-user-name>'@'localhost'
  

• 使用127.0.0.1作为host时：

  ERROR 2003 (HY000): Can't connect to MySQL server on '127.0.0.1' (111)
  

还出现过错误码115的情况。

Ubuntu终端直接运行的修正方法 #

必须修改两处：

1. 修改SSH隧道端口：

ssh::ssh_tunnel(session, port=3307, target = "127.0.0.1:3306")

2. 对应修改DB连接端口：

db_connection <- dbConnect(MySQL(), user = '<remote-user-name>', password = '<remote-password>', dbname = '<remote-database>', port=3307, host='127.0.0.1')

若不改端口或使用localhost，会触发权限拒绝提示。

原因分析 #

1. 端口占用差异：Windows上3306端口大概率未被本地MySQL占用，所以SSH隧道能正常绑定；但Ubuntu虚拟机默认可能安装并运行了本地MySQL服务，占用了3306端口，导致隧道无法创建，最终连接数据库时出现111错误（连接被拒绝）。
2. MySQL连接方式差异：Ubuntu中localhost默认采用socket文件连接，而127.0.0.1强制使用TCP/IP连接。你的远程MySQL用户是授权给TCP连接的，用localhost时MySQL会匹配user@localhost的权限（该权限不存在），所以触发1044错误；而Windows上localhost默认走TCP/IP，因此能正常连接。

解决步骤 #

针对Shiny应用，按以下调整代码：

1. 更换未占用端口：选一个本地未被使用的端口（如3307、3308），同步修改SSH隧道和DB连接的端口号。
2. 强制TCP/IP连接：DB连接时始终用host='127.0.0.1'，避开Ubuntu下socket连接的权限问题。
3. 延长等待时间：把Sys.sleep(1)改为Sys.sleep(3)或更久，确保SSH隧道完全建立后再尝试连接数据库。
4. 检查端口占用：在Ubuntu终端执行sudo lsof -i :3306，查看3306端口是否被本地MySQL占用。如果是，可停止本地服务（sudo systemctl stop mysql），或继续使用其他端口。

调整后的完整可用代码：

library(RMySQL)
library(ssh)
library(callr)

rs <- r_session$new(wait = TRUE, wait_timeout = 3500)

rs$call(function(){
  session <- ssh::ssh_connect('<ssh-user>@<remote-ip-address>', keyfile = "<path-to-.pem-file>", verbose = FALSE)
  
  # 使用未被占用的3307端口
  ssh::ssh_tunnel(session, port=3307, target = "127.0.0.1:3306")
})

# 延长等待时间，确保隧道建立完成
Sys.sleep(3)

# 修正变量名+使用对应端口和TCP/IP连接
db_connection <- dbConnect(MySQL(), 
                          user = '<remote-user-name>', 
                          password = '<remote-password>', 
                          dbname = '<remote-database>', 
                          port=3307, 
                          host='127.0.0.1')

额外注意事项 #

• Shiny应用若部署在服务器环境，需确保防火墙允许使用所选端口（如3307）。
• 开启SSH隧道的verbose=TRUE，可查看隧道建立的详细日志，方便排查连接问题。
• 定期检查本地端口占用情况，避免后续端口被其他服务占用导致连接失败。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Garrett