使用pygraphviz与dot布局生成图形失败，报triangulation failed错误

错误信息 #

执行graph.layout("dot")时触发如下错误：

Traceback (most recent call last):
  File "/usr/lib/python3/dist-packages/IPython/core/interactiveshell.py", line 2882, in run_code
    exec(code_obj, self.user_global_ns, self.user_ns)
  File "<ipython-input-4-d73a7e09eb44>", line 6, in <module>
    graph.layout("dot")
  File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/pygraphviz/agraph.py", line 1422, in layout
    data = self._run_prog(prog, " ".join([args, "-T", fmt]))
  File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/pygraphviz/agraph.py", line 1387, in _run_prog
    raise OSError(b"".join(errors).decode(self.encoding))
OSError: libpath/shortest.c:324: triangulation failed
libpath/shortest.c:200: destination point not in any triangle
Error: in routesplines, Pshortestpath failed

复现步骤 #

1. 准备graph_data.txt文件
2. 运行以下代码（注：原代码文件打开模式有误，已修正为rb）：

import pygraphviz as pgv
with open("graph_data.txt", "rb") as fp:
    graph_data = fp.read()
graph = pgv.AGraph()
graph.from_string(graph_data)
graph.layout("dot") 
graph.draw(settings.PIPELINE_GRAPH_PATH, format="pdf")

解决方案 #

该错误是Graphviz的dot布局引擎计算边的样条路径时的三角化失败导致，可尝试以下方法解决：

• 更换布局引擎：改用neato、fdp或sfdp等其他布局算法，这些引擎的逻辑与dot不同，可能避开该问题：

  graph.layout("neato")  # 或 "fdp" / "sfdp"
  

• 禁用样条曲线：关闭dot的边样条渲染，使用直线连接绕过路径计算问题：

  graph.layout(prog="dot", args="-Gsplines=false")
  

• 优化图形数据：检查graph_data.txt中是否存在重复节点、强制固定位置的节点、大量自环或异常边，移除这类可能引发布局冲突的元素。

• 升级系统Graphviz：虽然Python和pygraphviz版本无法升级，但可通过系统包管理器（如apt、yum）更新Graphviz工具，新版本可能修复该bug。

• 调整图形属性：添加属性避免布局冲突，比如禁用节点固定位置、明确布局方向：

  graph.graph_attr["fixedsize"] = "false"
  graph.graph_attr["rankdir"] = "TB"
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user1315621