R语言执行fisher.test报错：all entries of 'x' must be nonnegative and finite

我不熟悉R语言，正在帮朋友做统计分析。已经筛选出目标数据，用dim()函数确认是二维矩阵，代码和数据如下：

library(data.table)
data = fread(myFILE, header = FALSE, select = c(9,46))

dim(data)
# [1] 68  2

print(data)
> print(d)
     V9          V46
 1: Question1 ? Question2 ?
 2: 30          No
 3: 25          Yes
 4: 24          Yes
 5: 25          Yes
 6: 27          Yes
 7: 27          Yes
 8: 25          Yes
 9: 26          Yes
10: 25          Yes
11: 24          Yes
12: 26          No
13: 24          Yes
14: 27          Yes
15: 26          Yes
16: 26          Yes
17: 26          Yes
18: 27          Yes
19: 26          Yes

data = d[-1,] # 移除首行的问题描述

fisher.test(data)
Error in fisher.test(data) : 
  all entries of 'x' must be nonnegative and finite

移除首行问题描述后，运行fisher.test(data)出现上述错误。请问我遗漏了什么？是否需要把Yes/No转成1/0？

• 变量名错误：你用data = fread(...)读取数据，但后续写了data = d[-1,]，这里d是未定义的变量，应该改成data = data[-1,]，否则当前的data并不是处理后的正确数据集。
• Fisher检验的输入不符合要求：fisher.test()需要的是列联表，而非原始的两列数据。你当前的第一列是连续/离散数值（年龄类数据），第二列是分类变量（Yes/No），直接传入整个数据框会报错。

正确操作步骤：

1. 修正变量名，确保处理正确的数据：

   data = data[-1,] # 替换原代码中的d[-1,]
   

2. 将第一列的数值变量转化为分类分组（比如按年龄区间划分），再生成列联表：

   # 把V9列转为数值型并分组，示例以25岁为界限
   data$V9 = as.numeric(data$V9)
   data$age_group = ifelse(data$V9 <=25, "≤25岁", ">25岁")
   # 生成列联表
   ct = table(data$age_group, data$V46)
   # 执行Fisher精确检验
   fisher.test(ct)
   

3. Yes/No不需要转为1/0，table()函数可直接识别字符型分类变量，但要确保V46列无缺失值或异常字符。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Biscuit