Python3.7下MDAnalysis报错NameError: 'pbc'未定义的解决请求

看起来你在使用MDAnalysis的eigen_vals()方法时碰到了一个旧版本的bug，咱们一步步来解决：

报错根源 #

从回溯信息能看到，问题出在MDAnalysis内置的eigen_vals()方法里——它调用atomgroup.center_of_mass(pbc=pbc)时，用到了一个未定义的pbc变量。这是早期MDAnalysis版本（适配Python3.7的版本通常比较老）的一个已知问题，方法实现时遗漏了对pbc参数的定义和传递。

解决方案 #

这里有两个可行的处理方式，你可以根据情况选择：

方案1：升级MDAnalysis到兼容Python3.7的最新版本

Python3.7最高支持MDAnalysis 2.0.x系列版本，你可以通过pip升级：

pip install "MDAnalysis<=2.0.0" --upgrade

升级后这个bug应该已经被修复，eigen_vals()方法会正确处理pbc参数。

方案2：手动修复内置方法的代码

如果你暂时不想升级，可以直接修改报错文件的代码：

1. 打开路径为/home/pulokdeb/ENV/lib/python3.7/site-packages/MDAnalysis/core/topologyattrs.py的文件
2. 找到eigen_vals方法的定义，修改成如下形式：

def eigen_vals(self, pbc=False):
    com = self.center_of_mass(pbc=pbc)
    # 保留该方法原本的其余代码不变

之后调用iio.eigen_vals()时，就可以正常传递pbc参数（或者使用默认值False），不会再触发NameError。

另外提一句，你自己实现的radius_of_gyration方法是完全正确的，它对pbc参数的处理没有问题，不用修改这部分代码~

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Pulok Kanti Deb