能否使用qsub直接提交命令而非脚本？（附SGE作业示例）

可以直接用qsub提交命令，无需单独写脚本文件，但你给出的命令格式有误，需要调整

正确的命令写法 #

要把需要执行的命令用bash -c包裹，同时把SGE的作业参数（比如-pe smp 33）放在qsub之后、bash -c之前。另外你命令里的$/data/...是错误写法，直接写路径不需要加$（那是脚本里引用变量的语法）。

修正后的命令示例：

qsub -pe smp 33 -N run_bowtie2 -cwd -l h_vmem=6G bash -c 'gzip -dc /data/bioinfo/READS2/R1_001.fastq.gz | bowtie --chunkmbs 300 --best -m 1 -p 6 --phred33 -q /data/bioinfo/genome_data/Caenorhabditis_elegans/UCSC/ce10/Sequence/BowtieIndex/genome - -S /data/bioinfo/READS2/aln/R1_001.sam'

几个关键注意点 #

• SGE的参数（如-pe、-N、-cwd、-l）必须放在qsub和实际执行的命令之间，不能混在后面的命令里
• 带管道、空格的复杂命令一定要用单引号包裹，避免被本地shell提前解析成多个命令
• 直接写文件路径时别加$，只有引用脚本里定义的变量时才需要用$
• 这种方式适合快速测试或简单任务，复杂作业还是写脚本更方便维护

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Norman Kuo