Base R与ggplot2绘制的箱线图不匹配问题求助

1. 箱线图不匹配+警告的根源 #

你遇到的两个问题是同一个原因：ylim(0,100)会直接删除超出该范围的数据行，而非仅调整图表显示范围。

• Base R的boxplot()基于全部数据计算四分位数、中位数等统计量，之后自动适配轴范围；
• 但ggplot的ylim()会把y值不在0-100区间内的行直接过滤掉（哪怕数据没有NA，超出范围的数值也会被判定为“非有限值”），这就是警告“Removed 845 rows...”的来源。用过滤后的数据计算箱线图统计量，结果自然和Base R用全量数据得到的不一致。

2. 解决方法 #

把ylim(0,100)替换成coord_cartesian(ylim = c(0,100))，这个函数仅缩放图表的显示范围，不会删除任何数据，箱线图的统计量会基于全量数据计算，和Base R的结果一致，警告也会消失。

修改后的代码：

library(tidyverse)
library(ggplotify)
library(patchwork)

df <- read.csv("test_boxplot_data.csv")

summary(df)

p1 <- as.ggplot(~boxplot(df$y, outline=FALSE))
p2 <- ggplot(df, aes(y=y)) + 
  geom_boxplot(outlier.shape = NA) + 
  coord_cartesian(ylim = c(0, 100)) # 替换原ylim

p1 + p2 + plot_layout(ncol = 2)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Soumitra