R语言ggplot2：按dataframe特定列给箱线图上色异常求助

我使用ggplot2生成箱线图，数据框df包含diff、grp、class三列，预期每个grp组对应2个不同颜色的箱线图（共6个），但实际仅生成3个。测试代码与样本数据如下：

df <- readxl::read_xlsx("~/Downloads/df_new_boxplot2.xlsx", sheet = 2, col_names = TRUE)
p1 <- ggplot2::ggplot(df, aes(x = grp, y = diff, group = grp)) +
  geom_boxplot(aes(fill = class)) +
  xlab("") +
  ylab("diff") +
  theme(
    axis.title = element_text(size = 9),
    axis.text.x = element_text(size = 9),
    axis.text.y = element_text(size = 9)
  )

print(p1)

样本数据：

diff            grp     class
0.184258888     G1      ess
0.19497884      G1      ess
0.228319959     G1      ess
-0.029457054    G1      non
0.167004668     G1      non
0.133294883     G1      non
-0.350721613    G1      non
-0.020916168    G2      non
0.061094133     G2      non
0.223643098     G2      non
0.18530414      G2      non
-0.091747545    G2      non
-0.183416747    G2      ess
-0.123086067    G2      ess
-1.158739554    G2      ess
-0.002487487    G2      ess
-0.405122069    G2      ess
-0.023079965    G2      ess
0.348647385     G3      non
0.418440731     G3      non
0.584033387     G3      non
0.062912024     G3      non
0.731170886     G3      non
0.704519206     G3      non
0.554128995     G3      ess
0.401225253     G3      ess
0.026531873     G3      ess
0.332660319     G3      ess
0.014057467     G3      ess
0.463902969     G3      ess
0.149713663     G3      ess

问题根源是手动设置group = grp，强制将同一grp下的所有数据归为一组，忽略了class的分组差异。要实现每个grp下显示2个不同颜色的箱线图，需按**grp与class的组合**分组，有两种简单修改方式：

方式1：移除手动group参数，让ggplot自动分组 #

ggplot会自动根据x（grp）和fill（class）的组合识别分组，无需手动指定：

p1 <- ggplot2::ggplot(df, aes(x = grp, y = diff)) +
  geom_boxplot(aes(fill = class)) +
  xlab("") +
  ylab("diff") +
  theme(
    axis.title = element_text(size = 9),
    axis.text.x = element_text(size = 9),
    axis.text.y = element_text(size = 9)
  )
print(p1)

方式2：手动指定group为双变量组合 #

通过interaction(grp, class)明确将两个变量的组合作为分组依据：

p1 <- ggplot2::ggplot(df, aes(x = grp, y = diff, group = interaction(grp, class))) +
  geom_boxplot(aes(fill = class)) +
  xlab("") +
  ylab("diff") +
  theme(
    axis.title = element_text(size = 9),
    axis.text.x = element_text(size = 9),
    axis.text.y = element_text(size = 9)
  )
print(p1)

两种方式都能生成预期的6个箱线图，每个grp下的ess和non分别以不同颜色展示。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Wasim Aftab