Snakemake使用wildcard_constraints时出现缺失输入文件错误求助

以下是针对你遇到问题的具体排查方向和修复方案：

1. rule all 与 wildcard_constraints 范围不匹配 #

你在rule all中使用CONTIG_LIST展开输出，但RdTest_autosomes的wildcard_constraints仅限制chrom为常染色体（chr1-chr22）。如果CONTIG_LIST包含X/Y染色体，Snakemake找不到对应规则生成这些染色体的输出，会触发输入缺失错误。

• 修复：
  • 若仅需处理常染色体，将rule all中的chrom = CONTIG_LIST改为chrom = AUTOSOMAL；
  • 若需处理X/Y染色体，单独编写对应规则（如RdTest_chrX、RdTest_chrY），并将这些规则的输出加入rule all的input列表。

2. wildcard 顺序不匹配导致路径解析错误 #

你的bed输入路径是BATCH + '.{chrom}.{source}.bed'（chrom在前，source在后），但输出路径是BATCH + '.{source}.{chrom}.metrics'（source在前，chrom在后）。Snakemake会按照输出中的wildcard顺序去匹配输入，这会导致实际文件路径与Snakemake解析的路径不匹配，找不到输入文件。

• 修复：统一输入输出的wildcard顺序，例如调整输出路径为：

  metrics=OUTPUT_DIR + '/GenerateBatchMetrics/Metrics/' + BATCH + '.{chrom}.{source}.metrics'
  

  同时同步修改params中的prefix为BATCH + '.{chrom}.{source}'，保持一致性。

3. 验证输入文件的实际存在性 #

即使路径格式正确，也要确认：

• OUTPUT_DIR/GenerateBatchMetrics/All_Beds/SEP/下存在对应{BATCH}.{chrom}.{source}.bed的文件；
• rules.ZPaste.output.matrix_file和rules.T_CalcMedCov.output指向的文件确实存在。
• 可通过命令snakemake --dry-run --printshellcmds查看Snakemake尝试寻找的具体文件路径，对比实际文件系统中的路径是否一致。

修改后的示例代码 #

rule all:
    input:
        # 仅展开常染色体输出
        expand(rules.RdTest_autosomes.output, source=ALGO, chrom=AUTOSOMAL),
        # 若需处理X/Y，添加对应规则的输出
        # expand(rules.RdTest_chrX.output, source=ALGO),
        # expand(rules.RdTest_chrY.output, source=ALGO),

rule RdTest_autosomes:
    input:
        bed = OUTPUT_DIR + "/GenerateBatchMetrics/All_Beds/SEP/" + BATCH + '.{chrom}.{source}.bed',
        bincov = rules.ZPaste.output.matrix_file,
        medmat = rules.T_CalcMedCov.output,
    output:
        # 统一wildcard顺序与输入一致
        metrics=OUTPUT_DIR + '/GenerateBatchMetrics/Metrics/' + BATCH + '.{chrom}.{source}.metrics',
    wildcard_constraints:
        chrom='(' + '|'.join(AUTOSOMAL) + ')'   # <- from chr1 to chr22
    params:
        prefix = BATCH + '.{chrom}.{source}',
        famfile = config['base']['fam_file'],
        sample = OUTPUT_DIR + "/sample_list.txt",
        op_dir = OUTPUT_DIR + '/GenerateBatchMetrics/Metrics/',
    singularity:
        "sif_images/rdtest.sif"
    threads: workflow.cores * 0.4
    shell:
        """
        Rscript src/RdTest/RdTest.R \
            -b {input.bed} \
            -n {params.prefix} \
            -o {params.op_dir} \
            -c {input.bincov} \
            -m {input.medmat} \
            -f {params.famfile} \
            -w {params.sample} 
        
        touch {output}
        """

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Cuong pham gia