如何使用Snakemake的expand函数生成指定格式的路径字符串？

你的嵌套列表：

list_ranges=[[0,9],[10,19],[20,29],[30,33]]

你当前的代码会生成笛卡尔积（每个range1元素和所有range2元素组合），得到16个结果，不符合需求。以下是两种正确写法：

方法1：用zip参数实现配对组合 #

通过zip参数告诉Snakemake按顺序配对两个列表的元素，而非生成笛卡尔积：

expand(
    "/user/Temp_dir/Ranges_{range1}-{range2}.tpm",
    zip,
    range1=[x[0] for x in list_ranges],
    range2=[x[-1] for x in list_ranges]
)

方法2：直接解包子列表 #

遍历list_ranges的子列表，将每个子列表的元素直接对应到模板变量：

expand(
    "/user/Temp_dir/Ranges_{a}-{b}.tpm",
    zip,
    a_b=list_ranges
)

以上两种写法都会生成你需要的4个目标路径：

/user/Temp_dir/Ranges_0-9.tpm
/user/Temp_dir/Ranges_10-19.tpm
/user/Temp_dir/Ranges_20-29.tpm
/user/Temp_dir/Ranges_30-33.tpm

内容的提问来源于stack exchange，提问作者chippycentra