R ggplot2线图线条与点颜色不一致问题求助（M/EPC类型异常）

你的问题出在同一个Cell.ID对应了多个不同的Cell.type：

• 点的颜色是按每个数据点的Cell.type单独映射，所以显示正确；
• 线条是按Cell.ID分组绘制的，当同一个Cell.ID的点属于不同Cell.type时，ggplot无法为这条线确定单一的颜色映射，导致线条颜色异常。

解决步骤： #

1. 检查数据一致性
   运行以下代码，查看是否存在同一个Cell.ID对应多个Cell.type的情况：

# 查看每个Cell.ID对应的Cell.type分布
table(myrYFP_18.7_ABA_2_reordered$Cell.ID, myrYFP_18.7_ABA_2_reordered$Cell.type)

2. 修正数据
   如果发现存在跨Cell.type的Cell.ID，需要确认每个Cell.ID的正确细胞类型，将同一Cell.ID对应的所有行的Cell.type统一为同一个值。

3. 优化代码（可选）
   代码中scale_fill_discrete(name="Cell type")是多余的（你没有用到fill美学），可以删掉，同时直接在scale_colour_manual里设置图例名称，让代码更清晰：

myrYFP_18.7_ABA_volume_change_plot <- ggplot(data=myrYFP_18.7_ABA_2_reordered, aes(x=Time, 
y=Percentage.volume.change, group=Cell.ID)) +
geom_point(aes(colour=Cell.type)) +
geom_line(aes(colour=Cell.type)) +
scale_colour_manual(name="Cell type", values=cbPalette) +
ylim(-40, 20) + xlim(0,120)

这样处理后，线条和点的颜色就能和图例中的细胞类型保持一致了。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Jodie