嘿，我完全懂你这个困扰——当把number_sections设为false时，章节交叉引用就变成了??，但开启编号时一切正常。这其实是Bookdown的默认行为：当不启用章节编号时，它不会自动为无编号章节建立可被\@ref()调用的引用映射，导致引用找不到目标。

下面给你几个简单可行的解决办法：

方法1：手动为章节添加自定义引用文本 #

这是最直接的方案，你可以在章节标题的标签后加上.unnumbered和ref属性，指定引用时要显示的文本。比如：

# Getting Articles {#getArt .unnumbered ref="Getting Articles"}

然后在引用的地方，调整语句让它更自然：

you'll need to walk through the steps found in \@ref(getArt) section

这样渲染后就会显示为：you'll need to walk through the steps found in Getting Articles section，完美替代原本的编号引用。

方法2：调整gitbook的引用渲染配置 #

如果你希望保留原有的引用语句格式（比如...in the Getting Articles section \@ref(getArt)），可以尝试在_output.yml里添加reference_links: true配置：

bookdown::gitbook:
  css: style.css
  toc_depth: 4
  number_sections: false
  reference_links: true

这个配置会让Bookdown优先使用章节标题文本作为引用内容，而不是依赖章节编号。不过需要注意，这个配置在部分Bookdown版本中可能需要配合.unnumbered标签一起使用。

方法3：自定义knitr钩子（进阶方案） #

如果你有一定的R编程基础，可以通过自定义knitr的标题钩子来实现自动关联无编号章节的引用。在你的主Rmd文档开头添加这段代码：

knitr::knit_hooks$set(heading = function(x, options) {
  if (!is.null(options$label) && isTRUE(options$unnumbered)) {
    # 提取章节标题文本作为引用内容
    title <- gsub("<h[1-6]>(.*)</h[1-6]>", "\\1", x)
    x <- paste0(x, '<span id="ref-', options$label, '" style="display:none;">', title, '</span>')
  }
  x
})

然后在引用时，就可以直接用\@ref(getArt)，它会自动抓取章节标题文本作为引用内容。这个方案更灵活，适合需要批量处理多个无编号章节的场景。

总结一下，方法1是最容易上手的，推荐你先尝试这个方案，基本能解决你的问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Brian Holt