Snakemake目录文件依赖报错：MissingInputException如何解决？

问题场景 #

rule_1调用工具生成包含多文件的directory_rule1目录，后续rule2依赖该目录下的a.tsv和b.tsv作为输入，但构建DAG时触发MissingInputException报错。

原规则代码 #

rule rule_1: #Line 62
    input:
        a="a.txt",
        b="b.txt"
    output:
        "directory_rule1"
    params:
        a = "10",
        b = "1000"
    log:
        "rule1.log"
    shell:
        "nohup python2 rule1.py --a {input.a} "
        "--b {input.b} "
        "--out {output} "
        "--a {params.a} "
        "--b {params.b) &> {log} "

rule rule2:
    input:
        a="directory_rule1/a.tsv",
        b="directory_rule1/b.tsv"
    output:
        "a.csv"
    params:
        d="500"
    log:
        "rule2.log"
    shell:
        "python3 rule2.py -a {input.a} -b {input.b} -threshold {params.d} &> {log} "

报错信息 #

Building DAG of jobs...
MissingInputException in line 62 of pathtosnakefile/snakefile:
Missing input files for rule rule2:
    output: a.csv
    affected files:
        directory_rule1/a.tsv
        directory_rule1/b.tsv

修复方案 #

核心原因 #

Snakemake无法自动关联“目录输出”与“目录内文件”的依赖关系，必须明确声明rule_1生成了rule2需要的具体文件。

具体修复步骤 #

1. 修正rule_1的输出定义
   将rule_1的output改为明确声明目录内的目标文件，同时用directory()标记目录（可选，但能让Snakemake更清晰识别目录结构）：

   rule rule_1: #Line 62
       input:
           a="a.txt",
           b="b.txt"
       output:
           directory("directory_rule1"),  # 标记输出目录
           "directory_rule1/a.tsv",
           "directory_rule1/b.tsv"
       params:
           a = "10",
           b = "1000"
       log:
           "rule1.log"
       shell:
           "nohup python2 rule1.py --a {input.a} "
           "--b {input.b} "
           "--out {output.directory_rule1} "  # 引用目录输出项
           "--a {params.a} "
           "--b {params.b} &> {log} "  # 修正原代码的括号语法错误
   

2. 修正shell命令的语法错误
   原rule_1的shell命令中--b {params.b)存在括号错误（应为}），这个错误会导致rule_1执行失败，必须修正。

为什么之前的尝试无效？ #

• 移除rule2的output：rule2必须有输出，否则Snakemake无法识别任务目标；
• 将目录放入params：params不参与依赖关系构建，Snakemake不会追踪params中的路径；
• 仅使用directory()：只标记目录但未声明具体文件，Snakemake不知道目录内的文件是该规则生成的，无法建立依赖链。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者cookiemonster