这问题我之前也碰到过！核心原因是Markdown里的**软换行（两个空格结尾）**在HTML渲染里能正常识别，但PDF输出是靠LaTeX引擎处理的，LaTeX根本不认这种换行方式，所以就把所有内容都挤成一团了。给你几个靠谱的解决办法：

1. 用硬换行（空一行）分隔内容 #

把副标题、正文、代码块之间都空出一行，这是最稳妥的方式，HTML和PDF都会正确解析分段。

2. 确保代码块格式正确 #

你原来的代码块开头少了反引号，正确的代码块应该用三个反引号包裹，不然LaTeX会把代码当成普通文本混在一起。

修正后的完整Rmd示例：

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title: 'Script de Limpieza: errores de digitalizacion y division de base madre'
author: "Leonardo Doig & Karen Lau"
date: "10/9/2020"
output:
  html_document: default
  word_document: default
  pdf_document: default
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)

some random words should be here

First subtitle

there are 2 blank spaces after the first subtitle

library(lubridate)

Second Subtitle

plain text (after the second subtitle there are 2 blanks spaces too)

### 额外小技巧
如果偶尔需要强制换行但不想分段，可以在换行处加`\\`（LaTeX的换行命令），比如：
```markdown
#### First subtitle\\
there are 2 blank spaces after the first subtitle

不过还是更推荐空一行的方式，排版逻辑更清晰。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Karen Lau